针对您提出的“废水排放行为已结束无法取证怎么处理”的问题，这确实是一个在环境执法和司法实践中较为棘手的挑战。不过，即便废水排放行为已经结束，我们仍可以通过一些间接的方法和策略来尽可能地还原事实，进行合理的推断和认定。以下是一些建议的处理方式：
一、利用间接证据构建证据链
生产工艺分析：
- 深入调查涉事企业的生产工艺流程，特别是与废水产生相关的环节。
- 通过专家论证，确认废水中的污染物是否来源于企业的生产活动。
- 结合企业过往的生产记录、原料使用情况等，进一步印证污染物的来源。
有毒物质含量比对：
- 对涉事企业的污水池、排污口以及周边环境中的水样进行取样分析。
- 通过比对不同位置水样中的有毒物质含量，推断废水的排放路径和流向。
- 如果污水池中的有毒物质含量高于排污口或周边环境，这可以作为废水从企业排放的间接证据。
环保设施使用情况调查：
- 调查企业的环保设施（如污水处理设备）的使用情况，包括设备的运行记录、维护记录等。
- 如果发现环保设施在特定时间段内未正常运行或存在故障，而这段时间又恰好与废水排放行为的时间相吻合，这可以作为废水排放的间接证据。
企业排放标准与行为分析：
- 查阅企业的环评报告、排污许可证等文件，了解企业的排放标准和要求。
- 如果企业存在超标排放、无证排放等违法行为，且这些行为与废水排放行为的时间、地点等要素相吻合，这也可以作为废水排放的间接证据。
二、借助专家评估与鉴定
环境损害评估：
- 邀请环境资源保护领域的专家对废水排放行为造成的环境损害进行评估。
- 专家可以根据现场勘查、水样分析、模型模拟等手段，合理确定环境损害的范围和程度。
- 评估结果可以作为司法机关认定企业违法行为的依据之一。
污染物来源鉴定：
- 如果废水中的污染物种类复杂、来源难以确定，可以委托专业的鉴定机构进行污染物来源鉴定。
- 鉴定机构可以通过同位素分析、指纹图谱比对等先进技术手段，确定污染物的具体来源。
三、结合其他线索与证据
群众举报与证人证言：
- 调查是否有群众举报过涉事企业的废水排放行为，并收集相关证人的证言。
- 证人证言可以提供废水排放行为的时间、地点、方式等关键信息，有助于还原事实真相。
监控视频与卫星遥感：
- 如果涉事企业周边有监控视频或卫星遥感数据，可以调取这些资料进行查看和分析。
- 监控视频可以记录废水排放行为的具体过程，而卫星遥感数据则可以显示废水排放对周边环境的影响。
四、法律途径与后续处理
行政处罚与刑事追究：
- 根据调查结果和专家评估意见，对涉事企业进行行政处罚或刑事追究。
- 行政处罚可以包括罚款、责令停产整顿、吊销排污许可证等措施；刑事追究则可以依据相关法律法规对涉事人员进行刑事处罚。
民事赔偿与生态修复：
- 如果废水排放行为造成了环境损害，涉事企业还应承担民事赔偿责任，对受损环境进行生态修复。
- 民事赔偿可以包括赔偿环境损害费用、支付生态修复费用等；生态修复则可以采取植树造林、湿地恢复等措施。
实际案例参考
以您提供的某植物纤维公司污染环境案为例，该案中虽然废水排放行为已经结束且难以直接取证，但司法机关通过综合运用生产工艺分析、有毒物质含量比对、环保设施使用情况调查以及企业排放标准与行为分析等间接证据方法，成功构建了完整的证据链，认定了企业的违法行为并作出了相应的司法判决。这一案例为我们处理类似问题提供了有益的借鉴和启示。
综上所述，即使废水排放行为已经结束且难以直接取证，我们仍可以通过利用间接证据、借助专家评估与鉴定、结合其他线索与证据以及采取法律途径与后续处理等措施来尽可能地还原事实真相并作出合理的认定和处理。