套用别的公司种子经营许可证属于违法行为，将面临行政处罚，情节严重的可能构成刑事犯罪。具体分析如下：

1. 行政处罚层面
   根据《中华人民共和国种子法》第七十七条，未依法取得种子生产经营许可证生产经营种子，或以欺骗、贿赂等不正当手段取得种子生产经营许可证的，由县级以上人民政府农业农村、林业草原主管部门责令改正，没收违法所得和种子；违法生产经营的货值金额不足一万元的，并处三千元以上三万元以下罚款；货值金额一万元以上的，并处货值金额三倍以上十倍以下罚款。
   若套用他人许可证的行为被认定为“未依法取得许可证经营”，则适用上述处罚标准。此外，若存在伪造、变造许可证等情节，可能面临更严厉的处罚，包括吊销许可证、没收违法工具设备等。

2. 刑事犯罪层面
   若套用行为涉及伪造国家机关证件（如伪造种子经营许可证），可能触犯《中华人民共和国刑法》第二百八十条，构成伪造国家机关证件罪。根据情节轻重，可处三年以下有期徒刑、拘役、管制或剥夺政治权利，并处罚金；情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
   若套用行为同时涉及销售伪劣种子，造成严重后果（如生产损失较大），还可能构成《刑法》第一百四十七条规定的“生产、销售伪劣种子罪”，最高可处七年以上有期徒刑或无期徒刑，并处罚金或没收财产。

3. 民事赔偿层面
   若套用行为导致他人经济损失（如购买假种子的农户减产），受害方有权依据《中华人民共和国民法典》要求侵权方赔偿损失，包括直接损失（如种子款、补种费用）和间接损失（如预期收益减少）。

建议：

• 若已实施套用行为，应立即停止并主动向主管部门说明情况，争取从轻处理；
  
• 若面临处罚或诉讼，及时收集证据（如许可证原件、交易记录等）以维护权益；
  
• 日常经营中务必通过合法途径申请许可证，避免法律风险。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节或风险防范措施。