针对您提出的“种子套用生产许可证怎么处罚”的问题，以下是根据《中华人民共和国种子法》及相关行政权责清单的详细解答：

一、违法行为定义

种子套用生产许可证，即伪造、变造、买卖、租借种子生产经营许可证的行为，是违反《中华人民共和国种子法》第三十二条和第三十三条规定的。这些条款明确规定了申请取得种子生产经营许可证的条件以及许可证应载明的内容，并禁止任何单位和个人无种子生产经营许可证或者违反种子生产经营许可证的规定生产、经营种子，同时禁止伪造、变造、买卖、租借种子生产经营许可证。

二、处罚措施

根据《中华人民共和国种子法》第七十七条，对于伪造、变造、买卖、租借种子生产经营许可证的行为，县级以上人民政府农业、林业主管部门将采取以下处罚措施：

1. 责令改正：首先要求违法行为人立即停止违法行为，并改正其错误行为。

2. 没收违法所得和种子：对于因违法行为所获得的违法所得以及涉及的种子，将予以没收。

3. 罚款：

   • 如果违法生产经营的货值金额不足一万元，将并处三千元以上三万元以下罚款。
   • 如果货值金额一万元以上，将并处货值金额三倍以上五倍以下罚款。

4. 吊销许可证：在情节严重的情况下，可以吊销种子生产经营许可证。

三、处罚程序

处罚程序通常包括以下几个步骤：

1. 立案：发现涉嫌违法行为后，相关部门将进行审查，并决定是否立案。

2. 调查：对立案的案件，将组织调查取证，确保调查过程公正、透明，与当事人有利害关系的调查人员应当回避。

3. 审查：审理案件调查报告，对案件违法事实、证据、调查取证程序、法律适用、处罚种类和幅度、当事人陈述和申辩理由等方面进行全面审查，并提出处理意见。

4. 告知：在作出行政处罚决定前，将制作《行政处罚通知书》送达当事人，告知其违法事实及其享有的陈述、申辩等权利。如果处罚涉及较大数额罚款或吊销许可证，还将告知当事人有要求举行听证的权利。

5. 决定：制作行政处罚决定书，载明违法事实、处罚证据、理由、依据、处罚种类、行政处罚履行的期限、方式以及行政复议、行政诉讼的途径和期限。

6. 送达：按照法律规定的方式将行政处罚决定书送达当事人。

四、追责情形

如果种子行政管理人员在执法过程中徇私舞弊、滥用职权、玩忽职守，或者违反本法规定从事种子生产、经营活动，将依法给予行政处分；构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。

综上所述，种子套用生产许可证是严重的违法行为，将受到法律的严厉制裁。因此，建议种子生产经营企业严格遵守相关法律法规，确保合法合规经营。