销售种子无证经营，将面临县级以上人民政府农业农村、林业草原主管部门的行政处罚。具体处罚措施及法律依据如下：
一、处罚措施
根据《中华人民共和国种子法》的相关规定，无证经营种子的行为将受到以下处罚：
责令改正：主管部门会要求无证经营者立即停止无证经营行为，并限期改正。
没收违法所得和种子：对于已经销售的种子和获得的违法所得，主管部门将予以没收。例如，在沭阳县自然资源和规划局处理的仲某无证经营案中，仲某被没收了违法所得人民币829.2元。
罚款：根据违法情节的轻重，主管部门将处以不同金额的罚款。罚款金额通常在二千元以上二万元以下，具体数额由主管部门根据违法事实、性质、情节以及社会危害程度等因素综合确定。如仲某被罚款人民币5000元，而塔城市**农资销售部因未按规定备案经营种子被罚款2000元。
失信公示：对于无证经营种子的违法行为，主管部门还可能将其上报至信用中国网站等信用信息公示系统，进行失信公示，以对其信用记录产生负面影响。
二、法律依据
无证经营种子的行为主要违反了《中华人民共和国种子法》的第三十三条和第七十六条（或第七十九条，具体条款可能因法律修订而有所变化，但核心内容一致）的规定：
第三十三条：除本法另有规定外，禁止任何单位和个人无种子生产经营许可证或者违反种子生产经营许可证的规定生产、经营种子。禁止伪造、变造、买卖、租借种子生产经营许可证。
第七十六条/第七十九条：违反本法第三十二条、第三十三条等规定，有下列行为之一的，由县级以上人民政府农业农村、林业草原主管部门责令改正，没收违法所得和种子；违法生产经营的货值金额不足一万元的，并处三千元以上三万元以下罚款；货值金额一万元以上的，并处货值金额三倍以上五倍以下罚款；可以吊销种子生产经营许可证。其中，对于未取得种子生产经营许可证生产经营种子的行为，明确规定了相应的处罚措施。
三、建议与后果
合规经营：为了避免无证经营种子的法律风险，建议经营者在进行种子生产经营活动前，务必依法取得种子生产经营许可证，并严格按照许可证的规定进行生产经营。
积极配合调查：如果已经发生了无证经营种子的行为，建议经营者积极配合主管部门的调查工作，如实陈述事实、提供证据，并主动采取措施纠正违法行为，以减轻可能的处罚。
法律后果：无证经营种子不仅可能导致行政处罚，还可能对经营者的商业信誉和长期发展产生负面影响。因此，经营者应高度重视合规经营的重要性，避免因小失大。
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