针对您提出的“公司不在注册地违法怎么处理”的问题，这通常涉及到公司无证无照经营或异地经营等违法行为。以下是根据相关法律法规和政策，为您提供的详细解答：
一、违法行为认定
首先，需要明确的是，如果公司不在其注册地开展经营活动，且未按照相关规定办理变更登记或异地经营备案，同时可能涉及无证无照经营的情况，那么这种行为就构成了违法。无证无照经营是指未经许可或未依法取得营业执照而从事经营活动的行为，这违反了《无证无照经营查处办法》等相关法律法规。
二、处理流程
举报与受理：
- 任何单位或个人发现公司存在不在注册地违法经营的情况，都有权向当地的查处部门（如工商行政管理部门）进行举报。
- 查处部门应当向社会公开受理举报的电话、信箱或电子邮件地址，并安排人员受理举报，依法予以处理。
调查与取证：
- 查处部门在接到举报后，会依法对涉嫌违法的公司进行调查，包括进入其经营场所进行现场检查，查阅、复制相关合同、票据、账簿等资料。
- 如果发现公司确实存在不在注册地违法经营的情况，查处部门会收集相关证据，为后续的处罚提供依据。
处罚与执行：
- 根据《无证无照经营查处办法》等相关法律法规，查处部门会对违法的公司进行处罚，包括责令停止经营活动、没收违法所得、罚款等。
- 如果公司拒不执行处罚决定，查处部门可以依法采取强制措施，如查封、扣押相关物品等。
信用记录与公示：
- 查处部门会将违法的公司记入信用记录，并依照相关法律、法规的规定予以公示，这将对公司的声誉和未来发展产生不良影响。
三、建议与措施
合规经营：
- 公司应严格遵守相关法律法规，确保在其注册地开展经营活动，或按照相关规定办理变更登记或异地经营备案。
- 公司应定期自查自纠，确保经营活动的合法性和合规性。
积极配合调查：
- 如果公司被举报或查处部门发现存在违法经营的情况，应积极配合调查，如实提供相关资料和情况说明。
- 公司应主动整改违法行为，避免进一步的法律后果。
寻求法律帮助：
- 如果公司对处罚决定有异议或认为查处部门的处理不当，可以寻求法律帮助，通过行政复议或行政诉讼等途径维护自己的合法权益。
四、法律依据
- 《无证无照经营查处办法》：该办法明确了无证无照经营的定义、查处职责、处罚措施等，是处理公司不在注册地违法经营问题的主要法律依据。
- 其他相关法律法规：如《公司法》、《市场主体登记管理条例》等，也涉及公司注册、变更、经营等方面的规定，为处理此类问题提供了法律支持。
综上所述，公司不在注册地违法经营是严重的违法行为，将受到法律的严厉制裁。因此，公司应严格遵守相关法律法规，确保经营活动的合法性和合规性。如果遇到相关问题或需要进一步的法律帮助，请及时咨询专业律师或相关机构。