针对您提出的“网店不在注册地经营是否违法以及如何处理”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：

一、网店不在注册地经营是否违法

首先，我们需要明确的是，企业（包括网店）的法定住所应当是其主要办事机构所在地，这是《公司法》的明确规定。如果网店注册了一个地址作为法定住所，但实际上并未在该地址进行主要经营活动，而是选择了其他地址进行办公和经营，这种行为在一般情况下可能构成对工商管理规定的违反。

不过，也存在一些特殊情况。例如，根据某些地方政府的规定，如“一照多址”政策，市场主体在住所外设立不涉及前置审批的经营场所，且该经营场所与住所属同一登记机关管辖区域的，可以申请备案而不再办理分支机构登记。但这种情况需要具体查看当地的相关政策规定，并确保符合所有条件。

二、如何处理网店不在注册地经营的问题

1. 自查自纠：

   • 网店经营者应首先自查其注册地址与实际经营地址是否一致。
   • 如果不一致，且不符合“一照多址”等特殊政策规定，应及时向工商管理部门报告并申请变更注册地址。

2. 申请变更注册地址：

   • 如果网店的实际经营地址已经变更，且与原注册地址不一致，经营者应尽快向工商管理部门提交变更注册地址的申请。
   • 申请时需要提供相关证明材料，如新的经营场所租赁合同、产权证明等。

3. 配合工商管理部门调查：

   • 如果工商管理部门对网店的注册地址与实际经营地址不一致的情况进行调查，经营者应积极配合，提供必要的资料和说明。
   • 不得隐瞒、谎报或拒绝提供相关信息。

4. 接受处罚并整改：

   • 如果网店的行为被认定为违法，经营者应接受工商管理部门的处罚，并按照要求进行整改。
   • 处罚可能包括罚款、责令停止违法行为、没收违法所得等。

三、建议与注意事项

• 遵守法律法规：网店经营者应严格遵守《公司法》、《无证无照经营查处办法》等相关法律法规，确保合法经营。
• 关注政策变化：由于不同地区的政策规定可能存在差异，网店经营者应关注当地工商管理部门的政策变化，确保符合所有要求。
• 及时沟通与咨询：如果对注册地址与实际经营地址的问题存在疑问或不确定，网店经营者应及时与工商管理部门沟通或咨询专业律师，以避免不必要的法律风险。

综上所述，网店不在注册地经营在一般情况下可能构成违法，但具体是否违法还需根据当地政策规定和实际情况进行判断。如果存在不一致的情况，网店经营者应及时申请变更注册地址并配合工商管理部门的调查与处理。