结论：将跨境支付通获得的资金通过ATM取出港元并存入券商用于投资，这一行为是否违法，需根据具体情况判断，但通常涉及外汇管理、反洗钱及证券投资等多方面的法律规定，存在违法风险。以下从不同角度详细分析：
一、外汇管理角度
外汇兑换与使用规定：
- 根据我国外汇管理相关规定，个人进行外汇兑换和使用需遵循一定的限额和程序。若通过非法渠道或超出限额进行外汇兑换，可能构成违法行为。
- 跨境支付通若涉及外汇兑换，需确保兑换过程合法合规，且资金用途符合外汇管理规定。
资金来源合法性：
- 存入券商的资金需来源合法，若资金来源于非法活动（如洗钱、诈骗等），则不仅存款行为违法，还可能涉及更严重的刑事犯罪。
二、反洗钱角度
反洗钱监管要求：
- 金融机构（包括券商）有义务对客户进行反洗钱审查，确保资金来源合法。若资金来源不明或涉嫌洗钱，金融机构可能会拒绝接受存款或报告相关部门。
- 个人在存款时，若无法提供合法资金来源证明，可能面临反洗钱调查或资金被冻结的风险。
大额交易报告：
- 根据反洗钱规定，大额交易需向相关部门报告。若通过ATM取出大量港元并存入券商，可能触发大额交易报告机制，进而引发监管关注。
三、证券投资角度
证券投资资格与程序：
- 在我国进行证券投资，需具备相应的投资资格并遵循一定的投资程序。若未通过合法渠道或未满足投资条件进行证券投资，可能构成违法行为。
- 特别是对于跨境证券投资，需遵守更为严格的外汇管理和证券投资规定。
资金跨境流动限制：
- 我国对资金跨境流动有严格限制，特别是涉及证券投资的资金流动。若未经批准擅自将资金跨境转移用于证券投资，可能面临法律制裁。
四、具体建议
确保资金来源合法：
- 在进行任何金融交易前，务必确保资金来源合法合规，避免涉及非法活动。
遵守外汇管理规定：
- 了解并遵守我国外汇管理相关规定，确保外汇兑换和使用过程合法合规。
咨询专业机构：
- 在进行跨境证券投资前，建议咨询专业金融机构或律师，了解相关法律规定和投资程序，确保投资行为合法合规。
保留交易记录：
- 妥善保留所有交易记录和相关凭证，以备监管部门查询或应对可能的法律纠纷。
总结：将跨境支付通获得的资金通过ATM取出港元并存入券商用于投资，这一行为涉及外汇管理、反洗钱及证券投资等多方面的法律规定。为确保合法合规，建议在进行此类交易前充分了解相关法律规定，并咨询专业机构或律师的意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。