针对您提出的“员工电子签署协议，公司打印线下盖章是否有效”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：

首先，根据《电子签名法》的相关规定，能够有形地表现所载内容，并可以随时调取查用的数据电文，是被视为符合法律、法规要求的书面形式的。这意味着，电子签署的协议，只要其内容能够清晰、准确地呈现，并且可以被随时调取和查用，那么它在法律上是被认可的。

其次，关于电子劳动合同的生效问题，《人力资源社会保障部办公厅关于订立电子劳动合同有关问题的函》以及《电子劳动合同订立指引》都明确指出，用人单位与劳动者协商一致，可以采用电子形式订立书面劳动合同。并且，电子劳动合同在用人单位和劳动者签署可靠的电子签名后即生效，并应附带可信时间戳，以确保其真实性和不可篡改性。

现在，针对您提出的具体问题，即公司打印出电子签署的协议并线下盖章是否有效。从法律层面来看，如果电子签署的协议本身已经满足了上述的法律要求，即具有可靠电子签名和可信时间戳，那么这份协议在法律上已经是有效的。公司打印出这份协议并线下盖章，实际上是在为这份已经有效的电子协议提供一个纸质的备份或证明，这并不会影响电子协议本身的法律效力。

然而，需要注意的是，虽然线下盖章不会影响电子协议的法律效力，但公司在实际操作中应确保打印出的纸质协议与电子协议的内容完全一致，并且盖章行为应得到公司相关授权人员的批准和执行，以确保整个流程的合规性和有效性。

综上所述，员工电子签署的协议，在满足相关法律要求的前提下，公司打印出并线下盖章是有效的，但这并不改变电子协议本身的法律效力，而是为其提供了一个纸质的备份或证明。