结论：协议电子章后打印的有效性并非绝对，而是取决于多种因素，包括电子章的合法性、双方认可情况、合同完整性及公章清晰度等。以下是对此问题的详细分析：
有效情况分析
电子章合法且双方认可：
- 如果电子章是合法、有效的，并且经过了相关机构的认证或备案，同时合同双方均对打印出来的带有电子章的协议表示认可，那么该协议在双方之间是有效的。
- 例如，在电子商务合同中，双方通过电子方式签署合同，并使用了符合法律规定的电子签章，之后打印出来作为纸质备份，这种情况下打印的协议是有效的。
有其他证据佐证合同真实性：
- 除了双方认可外，如果存在其他能够证明协议是双方真实意思表示的证据，如双方此前的沟通记录、履行协议的行为等，那么即使协议上是打印的电子章，也可能被认定为有效。
- 例如，双方通过电子邮件就协议条款进行了详细磋商，并且之后按照协议约定开始履行义务，这些履行行为可以作为辅助证据证明双方对协议的认可。
合同完整且公章清晰：
- 在打印过程中，应确保协议的完整性、准确性以及电子章的清晰度。如果打印出来的协议内容完整、公章清晰，且没有篡改等情况，那么这份协议在法律上更有可能被认定为有效。
无效或存在风险的情况分析
电子章不合法或未经授权：
- 如果电子章是未经合法授权的人员制作或使用，或者电子章本身不符合法律规定的条件，那么加盖该电子章的协议可能无效。
- 例如，某人未经公司授权，私自制作了公司的电子章并加盖在协议上，这种情况下该协议可能因电子章不合法而无效。
无法证明电子章真实性：
- 在一些情况下，如果无法证明电子章的真实性和合法性，对方可能会对协议的效力提出质疑。法院在司法实践中可能会要求提供电子章的原始样本、备案证明等材料来核实其真实性。
- 如果无法提供这些材料，或者提供的材料不足以证明电子章的真实性，那么可能会导致协议的效力不被认可。
合同不完整或公章不清晰：
- 如果打印出来的协议内容不完整、存在篡改，或者电子章不清晰，那么这份协议可能会被视为无效。因为这些情况都可能影响协议的真实性和合法性。
建议与总结
为了确保协议的合法性和有效性，我建议：
- 在签订协议时，尽量使用原件，并确保电子章的合法性、有效性及经过相关机构认证或备案。
- 双方应当通过适当的方式（如签字、盖章、按指印等）对协议进行确认，以确保协议的真实性和有效性。
- 在打印协议时，应确保协议的完整性、准确性以及电子章的清晰度。
- 妥善保管好相关证据和文件，以便在发生纠纷时能够提供有力的支持。
如有任何疑问或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供准确的法律意见和帮助。