关于员工电子签署后打印盖章的文件是否有效的问题，这主要取决于文件的内容、签署方式以及相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细解答：
首先，我们需要明确的是，电子签署的文件在符合法律法规规定的情况下，是具有法律效力的。根据《中华人民共和国电子签名法》的相关规定，民事活动中的合同或其他文件、单证等文书，当事人可以约定使用电子签名、数据电文。只要这些电子签名和数据电文能够有形地表现所载内容，并可以随时调取查用，就不得仅因为其采用电子形式而否定其法律效力。
对于员工电子签署的文件，如果其内容符合法律法规的要求，且签署过程符合电子签名的相关规定（如使用可靠的电子签名技术、确保签署人的真实身份等），那么这样的电子签署文件在法律上是有效的。
接下来，关于打印盖章的问题。打印盖章本身并不改变文件的法律效力，关键在于盖章的行为是否符合法律法规和公司内部规定。如果公司在内部规定或与员工签订的协议中明确允许电子签署后打印盖章作为有效文件，且盖章行为真实、合法，那么这样的文件在法律上是被认可的。
然而，也需要注意以下几点：
确保电子签署的合法性：电子签署必须符合《电子签名法》等相关法律法规的要求，确保签署人的真实身份和签署意愿。
公司内部规定：公司应制定明确的内部规定，说明电子签署后打印盖章的文件在何种情况下被视为有效，以及盖章的具体要求和流程。
文件保存和备份：电子签署的文件应妥善保存和备份，以便在需要时能够随时调取查用。
法律风险：尽管电子签署的文件在法律上有效，但在某些特定情况下（如涉及重大权益变更、法律纠纷等），可能仍需要纸质文件作为证据。因此，公司应根据实际情况和风险评估来决定是否需要打印盖章。
综上所述，员工电子签署后打印盖章的文件在符合法律法规和公司内部规定的情况下是有效的。但为了确保文件的法律效力和避免潜在的法律风险，公司应制定明确的内部规定并妥善保存和备份电子签署的文件。