关于就业协议线下签约能否使用电子章的问题，这主要取决于具体的签约流程和规定，以及电子章是否符合相关法律法规的要求。

首先，从法律法规的角度来看，根据人力资源社会保障部办公厅印发的相关文件，用人单位与劳动者协商一致，是可以采用电子形式订立书面劳动合同的，但前提是电子劳动合同应当使用符合电子签名法等法律法规规定的可视为书面形式的数据电文和可靠的电子签名。这意味着，如果电子章符合电子签名法的规定，且能够保证电子就业协议的生成、传递、储存等满足相关法律法规的要求，确保其完整、准确、不被篡改，那么电子章在理论上是可以在就业协议线下签约中使用的。

然而，在实际操作中，就业协议的签约流程可能因学校、用人单位或地区而异。有些学校或用人单位可能更倾向于使用纸质版协议进行线下签约，并要求加盖实体章。这主要是出于对协议真实性和有效性的考虑，以及便于管理和存档。

对于您提到的“向学校申请电子就业协议书线下签约”的情况，根据相关指南，毕业生在下载电子协议书后，需要打印出来本人签字，并找用人单位盖章。这里的盖章环节，如果用人单位同意使用电子章，并且该电子章符合电子签名法的规定，那么理论上是可以使用电子章的。但实际操作中，您可能需要与用人单位进行沟通，确认其是否接受电子章，并了解其具体的盖章要求和流程。

总结来说：就业协议线下签约能否使用电子章，取决于多个因素，包括法律法规的要求、学校或用人单位的具体规定以及电子章是否符合相关规定。在实际操作中，建议您先与用人单位进行沟通，了解其对于电子章的态度和要求，再根据具体情况进行决策。如果用人单位同意使用电子章，并且该电子章符合电子签名法的规定，那么您可以在就业协议线下签约中使用电子章。但为了确保协议的真实性和有效性，以及避免可能的纠纷，建议您在签约前仔细了解并遵守相关规定和流程。