结论：电子合同盖了电子章后，纸质协议是否可以直接下载以及是否还需额外盖公章，这主要取决于电子合同的具体形式、双方当事人的约定以及相关法律法规的规定。以下从几个方面进行详细分析：

1. 电子合同与纸质协议的关系：

   • 电子合同与纸质协议在法律上具有同等的效力，前提是它们都符合法律规定的合同成立和生效的要件。电子合同通过电子方式签署，而纸质协议则是传统的书面形式。
   • 如果电子合同已经通过合法的电子签名（如电子章）进行了签署，并且该电子签名符合《中华人民共和国电子签名法》的规定，那么这份电子合同在法律上就是有效的。

2. 纸质协议的下载与盖章：

   • 可以直接下载的情况：如果双方当事人在电子合同中明确约定，电子合同签署后，可以下载纸质版本作为备份或参考，并且该纸质版本不需要再次盖章确认，那么在这种情况下，纸质协议可以直接下载，无需额外盖公章。
   • 需要额外盖章的情况：如果双方当事人没有这样的约定，或者出于某种原因（如公司内部规定、行业惯例等）需要纸质协议上加盖公章以确认其真实性或有效性，那么在这种情况下，下载纸质协议后，还需要额外加盖公章。

3. 法律法规的考量：

   • 根据《中华人民共和国电子签名法》的相关规定，可靠的电子签名与手写签名或者盖章具有同等的法律效力。因此，如果电子合同上的电子章是可靠的，并且符合法律规定的条件，那么它就不需要再通过纸质协议上的公章来确认其效力。
   • 然而，在实际操作中，由于各种原因（如证据保全、交易习惯等），双方当事人可能仍然选择在纸质协议上加盖公章，以增加合同的可信度和可执行性。

4. 建议与注意事项：

   • 在签署电子合同时，建议双方当事人明确约定电子合同与纸质协议之间的关系，以及是否需要纸质协议上加盖公章。
   • 如果选择使用电子章签署电子合同，请确保该电子章是可靠的，并且符合《中华人民共和国电子签名法》的规定。
   • 在下载纸质协议时，请仔细核对电子合同与纸质协议的内容是否一致，以避免因内容不符而引发的纠纷。

总结来说，电子合同盖了电子章后，纸质协议是否可以直接下载以及是否还需额外盖公章，取决于双方当事人的约定以及相关法律法规的规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。