公司和公司之间转账标注为“往来款”是合法的，但需满足一定条件并确保资金用途真实、合法。以下从不同角度详细分析：

1. 法律性质与用途真实性
   “往来款”本质是公司间因正常业务往来（如采购、服务、资金拆借等）产生的资金流动。根据《民法典》及《公司法》，公司间资金往来需基于真实交易背景，且不得违反金融监管规定（如非法集资、洗钱等）。若转账用途与实际业务一致（如支付货款、偿还借款），标注“往来款”合法有效；若虚构用途掩盖非法目的（如套取贷款、行贿），则可能涉嫌违法。

2. 税务合规性
   税务机关对资金往来的审查重点在于是否涉及应税行为。例如：

   • 若往来款属于无偿借款，可能涉及增值税（视同销售服务）及企业所得税（利息收入确认）问题；
     
   • 若往来款实际为收入或费用（如未开具发票的货款），需按税法规定申报纳税，否则可能被认定为偷税。
     建议：公司应保留完整合同、发票等凭证，证明资金往来的商业合理性，避免税务风险。

3. 财务与审计要求
   根据《企业会计准则》，公司需对往来款进行准确核算和披露，包括：

   • 区分“应收账款”“应付账款”“其他应收款”等科目，避免混淆；
     
   • 定期清理长期挂账的往来款，防止被认定为“隐藏收入”或“体外循环”。
     风险点：若往来款被审计机构认定为“关联方资金占用”或“利益输送”，可能引发合规调查。

4. 特殊情形限制

   • 关联交易：若往来款涉及关联公司，需符合《企业所得税法》中“独立交易原则”，否则税务机关可调整应纳税所得额；
     
   • 资金拆借：非金融企业间直接借贷可能违反《贷款通则》，但可通过委托贷款等方式合规操作；
     
   • 外汇管理：跨境往来款需遵守《外汇管理条例》，办理外汇登记或提供完税证明。

操作建议：

1. 明确转账用途，在合同或付款凭证中注明具体事由（如“2023年度货款结算”）；
   
2. 避免使用“往来款”作为模糊表述，防止被误解为掩盖真实交易；
   
3. 保留完整证据链（合同、发票、物流单等），以备税务或审计核查；
   
4. 定期自查往来款余额，对异常大额或长期挂账项目及时处理。
   

如有进一步疑问（如具体行业合规要求、税务筹划等），可直接向我咨询。