结论：公司查到店员赚取衣服差价的行为是否违法，需根据具体情况判断，可能涉及职务侵占、贪污或违反公司规章制度等情形。以下从不同角度进行分析：

1. 职务侵占角度：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国刑法》第二百七十一条，公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，构成职务侵占罪。
   • 分析：若店员利用职务之便，通过赚取衣服差价的方式，将本应属于公司的利润非法占为己有，且数额达到较大标准（一般指6万元以上，具体标准可能因地区而异），则可能构成职务侵占罪。
   • 建议：公司应收集相关证据，如销售记录、差价计算、店员陈述等，以证明店员的行为构成职务侵占。若证据充分，可向公安机关报案，追究店员的刑事责任。

2. 贪污角度（如店员为国有企业员工）：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国刑法》第三百八十二条，国家工作人员利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有公共财物的，是贪污罪。
   • 分析：若店员为国有企业员工，且利用职务之便赚取衣服差价，将公共财物非法占为己有，数额较大的，则可能构成贪污罪。
   • 建议：对于国有企业员工，公司应同样收集相关证据，并向检察机关报案，追究店员的刑事责任。

3. 违反公司规章制度角度：

   • 法律背景：公司规章制度是公司内部管理的重要依据，员工应遵守。若员工违反公司规章制度，公司有权根据规章制度进行处理。
   • 分析：即使店员的行为不构成犯罪，但如果公司规章制度中明确禁止员工赚取差价或存在其他类似规定，且店员的行为违反了这些规定，公司有权依据规章制度对店员进行处罚，如警告、罚款、解雇等。
   • 建议：公司应首先审查自身规章制度，确认是否存在相关禁止性规定。若存在，且店员行为违反了规定，公司可依据规章制度进行处理。同时，公司也应考虑完善规章制度，明确禁止员工利用职务之便赚取差价等行为，以维护公司利益。

4. 民事赔偿角度：

   • 法律背景：若店员的行为给公司造成了经济损失，公司有权要求店员进行民事赔偿。
   • 分析：无论店员的行为是否构成犯罪或违反公司规章制度，只要其行为给公司造成了经济损失，公司都有权要求店员赔偿。赔偿范围通常包括公司因店员行为而遭受的直接经济损失。
   • 建议：公司应收集相关证据，证明店员的行为给公司造成了经济损失，并计算具体的损失金额。然后，公司可与店员协商赔偿事宜，或通过法律途径追究店员的民事责任。

进一步思考：公司在处理此类事件时，应注重证据的收集和保存，以确保后续处理的合法性和有效性。同时，公司也应加强内部管理，完善规章制度，明确员工的行为规范，以预防类似事件的发生。若公司对此类事件的处理存在疑问或需要进一步的法律帮助，可直接向我咨询。