公司让员工签署保密协议是合法的，但前提是协议内容必须合法、合理，且不侵犯员工的合法权益。以下是对此问题的详细分析：
法律依据
- 《中华人民共和国劳动法》第二十二条：明确劳动合同当事人可以在劳动合同中约定保守用人单位商业秘密的有关事项。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条：详细规定用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
保密协议的合法性与合理性
- 明确保密范围：保密协议应清晰界定哪些信息属于保密范畴，如客户名单、产品研发资料、未公开的财务数据等，避免模糊宽泛的表述。例如，若协议中仅笼统地规定“所有公司文件均为保密信息”，这样的条款可能因过于宽泛而被视为无效。
- 合理的保密期限：保密期限应根据商业秘密的性质和行业惯例设定，不能过长到不合理的程度。通常，保密期限可以设定为几年到十几年不等，具体取决于商业秘密的存续期限和企业的实际需求。例如，对于一项技术秘密，其保密期限可能与其专利保护期限相匹配。
- 支付保密补偿（针对竞业限制条款）：若保密协议中包含竞业限制条款，公司应在竞业限制期限内按月给予员工经济补偿。补偿标准可由双方约定，若无约定，则通常按照离职前十二个月平均工资的一定比例（如30%-50%）确定。未约定补偿的，竞业限制条款可能不被法律支持。
- 不违反法律法规：保密协议的内容必须遵守国家法律法规的强制性规定，不得侵犯员工的合法权益，如隐私权、劳动权等。例如，协议中不得规定员工在离职后不得从事任何与原公司业务相关的工作，这样的条款可能因限制员工就业自由而被视为无效。
员工的权利与义务
- 权利：员工在签订保密协议前，有权了解并审阅协议的全部内容，确保条款的合法性和合理性。对于违法或不合理的部分，员工有权拒绝签订，并可寻求法律援助或咨询。例如，若员工发现协议中规定的保密期限过长或补偿标准过低，可以与公司协商修改或拒绝签订。
- 义务：一旦签订保密协议，员工需严格遵守保密义务，防止商业秘密泄露。如违反协议，员工可能需承担违约责任，包括支付违约金、赔偿损失等。例如，若员工在离职后泄露了原公司的客户名单，导致公司遭受经济损失，公司有权要求员工承担赔偿责任。
公司的责任
公司应明确告知员工保密信息的范围、保密期限以及违约责任等内容，确保员工充分了解并同意。若要求员工离职后继续履行保密义务，公司需在保密协议中明确竞业限制条款，并按约定支付经济补偿。例如，公司可以在员工离职时与其签订竞业限制协议，并约定在竞业限制期限内按月支付经济补偿。
总结与建议：公司让员工签署保密协议是合法的，但前提是协议内容必须合法、合理，且充分尊重和保护员工的合法权益。员工在签订前应仔细审查协议条款，确保自身权益不受侵害。若您在签署保密协议过程中遇到任何问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。