农民工年收入超过12万元，需根据具体情况判断是否需要办理个人所得税自行纳税申报，并合理规划税务及保障自身权益。具体分析如下：

1. 税务申报义务
   根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例，若农民工年收入超过12万元且满足以下条件之一，需在次年3月1日至6月30日内办理年度自行纳税申报：
   

• 从两处或两处以上取得工资、薪金所得；
  
• 取得劳务报酬、稿酬、特许权使用费等综合所得，且需办理汇算清缴；
  
• 纳税年度内预缴税额低于应纳税额；
  
• 申请退税。
  若仅从单一雇主处取得工资收入，且已由雇主代扣代缴个税，通常无需自行申报，但需确认雇主是否准确申报收入及税额。

1. 收入性质与税务处理
   

• 工资薪金所得：若收入为工资，雇主应按累计预扣法代扣个税，年收入超12万元不必然导致补税，需结合专项附加扣除（如子女教育、赡养老人等）计算实际税负。
  
• 劳务报酬所得：若收入为劳务报酬（如零工、兼职），每次收入超过800元的部分需按20%-40%预扣率缴税，年度汇算时可能涉及退税或补税。
  建议保留收入凭证（如工资条、劳务合同、付款记录等），以便核对税务申报准确性。

1. 权益保障与合规建议
   

• 劳动合同与社保：确认与雇主签订书面劳动合同，并要求缴纳社会保险（如工伤保险、医疗保险），避免因未参保导致工伤赔偿等纠纷。
  
• 工资支付：若雇主拖欠工资，可依据《保障农民工工资支付条例》向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁。
  
• 税务合规：若自行申报个税，需通过“个人所得税”APP或税务机关办理，如实填报收入及扣除项目，避免虚报漏报风险。

1. 税务优化与规划
   

• 专项附加扣除：合理利用子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或租金、赡养老人等扣除项目，降低应纳税所得额。
  
• 税收优惠政策：部分地区对农民工返乡创业、技能培训等提供税收减免，可咨询当地税务机关了解政策。
  

如有具体收入结构、税务疑问或权益纠纷，可直接向我咨询，我将结合实际情况提供详细解决方案。