专利侵权被告上诉二审书面审理并不必然对被告不利，其影响需结合具体案情和审理程序综合判断。以下从多个角度进行分析：
一、书面审理的性质与特点
书面审理是二审法院在不开庭的情况下，仅通过审查当事人提交的书面材料来审理案件的一种方式。这种方式通常适用于事实清楚、法律适用明确且当事人无争议或争议不大的案件。书面审理的优点在于效率高、成本低，能够快速解决纠纷；但其缺点也显而易见，即缺乏庭审的直观性和互动性，可能不利于当事人充分表达意见和展示证据。
二、对被告可能的影响
证据展示与质证受限：
- 在书面审理中，被告可能无法像在庭审中那样直接展示证据、进行质证和辩论。这可能导致被告的一些关键证据或论点无法被二审法院充分理解和采纳。
- 建议：被告应确保在提交书面材料时，充分、清晰地展示所有关键证据和论点，并附上详细的说明和论证，以便二审法院能够全面、准确地理解案件情况。
法律适用与解释的风险：
- 书面审理中，二审法院对法律适用的解释和判断可能更加依赖于书面材料。如果被告对一审法院的法律适用有异议，但未能通过书面材料充分阐述其理由和依据，可能导致二审法院维持原判。
- 建议：被告应深入研究相关法律法规和司法解释，结合案件事实，提出有针对性的法律适用异议，并附上充分的理由和依据。
程序公正性的考量：
- 虽然书面审理本身并不违反程序公正原则，但如果被告认为一审法院在程序上存在瑕疵或错误，而二审法院又未通过庭审进行审查，可能导致被告的程序权利受到损害。
- 建议：被告应在上诉时明确指出一审法院在程序上存在的问题，并请求二审法院进行庭审审查。如果二审法院决定书面审理，被告可以提出异议并说明理由。
三、被告的应对策略
充分准备书面材料：
- 被告应精心准备上诉状、答辩状等书面材料，确保内容完整、逻辑清晰、论点明确。同时，应附上所有关键证据的复印件或扫描件，并附上详细的证据清单和说明。
积极与二审法院沟通：
- 在提交书面材料后，被告可以主动与二审法院联系，了解案件审理进度和法院对书面材料的看法。如果法院认为需要补充材料或进行庭审审查，被告应积极配合。
考虑申请庭审审查：
- 如果被告认为书面审理可能损害其合法权益，可以在提交书面材料时或之后向二审法院提出申请，请求进行庭审审查。法院会根据案件情况和法律规定决定是否同意。
四、实际案例与司法实践
- 在司法实践中，书面审理并不罕见。对于事实清楚、法律适用明确的案件，二审法院可能会选择书面审理以提高效率。然而，这并不意味着书面审理就一定对被告不利。关键在于被告能否通过书面材料充分展示其观点和证据。
- 案例参考：在某些专利侵权案件中，被告通过精心准备的书面材料成功说服二审法院改判或发回重审。这些案例表明，书面审理并非不可逾越的障碍，关键在于被告的应对策略和书面材料的质量。
总结来说，专利侵权被告上诉二审书面审理并不必然对被告不利。被告应充分准备书面材料、积极与二审法院沟通、考虑申请庭审审查，并根据案件具体情况制定合适的应对策略。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。