在发包方违约的情况下，承包方已支付的工程保证金的处理方式，需结合具体违约情形、合同约定以及相关法律规定综合判断。以下是具体分析：

1. 合同有明确约定时，优先按约定处理
   若双方签订的工程承包合同中明确约定了“发包方违约时保证金的处理方式”（如双倍返还、退还并支付违约金等），则直接依据合同条款执行。此时承包方可要求发包方按约定履行义务，若发包方拒绝，可通过诉讼或仲裁主张权利。

2. 合同未约定或约定不明时，依法处理
   若合同未对保证金处理作出约定，或约定模糊导致争议，可依据以下法律原则处理：

   • 保证金性质认定：工程保证金通常具有担保性质，用于保证承包方履行合同义务（如质量、工期等）。若发包方违约导致合同无法继续履行，保证金担保的合同目的已无法实现，承包方有权要求退还保证金。
     
   • 发包方违约责任：根据《民法典》第五百七十七条，发包方违约需承担继续履行、采取补救措施或赔偿损失等责任。若保证金因发包方违约被扣留，承包方可主张发包方返还保证金，并要求赔偿因违约造成的损失（如利息、差旅费等）。
     
   • 举证责任：承包方需提供证据证明发包方违约（如停工通知、沟通记录等）及保证金支付事实（如转账凭证、收据等），以支持其主张。

3. 特殊情形下的处理

   • 保证金被挪用或拒不退还：若发包方将保证金挪作他用或无正当理由拒不退还，承包方可向建设行政主管部门投诉，或直接向法院起诉要求返还保证金及赔偿损失。
     
   • 合同解除后的处理：若因发包方违约导致合同解除，根据《民法典》第五百六十六条，承包方除有权要求退还保证金外，还可要求发包方赔偿合同履行后可获得的利益（如预期利润）。

行动建议：

1. 立即固定证据（如合同、付款凭证、违约通知等）；
   
2. 向发包方发送书面催告函，要求限期退还保证金并赔偿损失；
   
3. 若协商无果，尽快委托律师起草起诉状或仲裁申请书，通过法律途径维权。
   

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