针对您提出的“医院副院长收药扣20万怎么处理”的问题，这涉及到医疗领域的商业贿赂行为，是一个严重的违法犯罪问题。以下是根据相关法律法规和司法解释，给出的详细解答：

一、法律定性

根据最高人民法院、最高人民检察院联合发布的《关于办理贪污贿赂刑事案件适用法律若干问题的解释(二)》，医疗领域的商业贿赂、药企回扣等行为被明确列为重点惩治范围。医院副院长作为医疗机构的管理人员，收受药扣20万，这一行为已经构成了非国家工作人员受贿罪，且数额较大，将面临严厉的刑事处罚。

二、量刑标准

1. 入罪门槛：非国家工作人员受贿罪的入罪门槛已经由6万元降至3万元，与国企受贿罪“拉平”。这意味着，只要医务人员收受回扣达到3万元，即可构成犯罪。

2. 数额认定：在您提到的案例中，医院副院长收受药扣20万，这一数额远超过了入罪门槛，且根据司法解释，个人受贿数额在10万元以上的，属于“情节严重”，将面临更重的刑罚。

3. 量刑情节：除了受贿数额外，法院在量刑时还会考虑其他情节，如受贿次数、是否为他人谋取利益、是否造成严重后果等。如果医院副院长在收受药扣的过程中，还存在其他违法犯罪行为，或者给医院、患者造成了重大损失，那么其刑罚将会更加严厉。

三、处理流程

1. 立案侦查：一旦发现医院副院长有收受药扣的行为，相关部门将立即立案侦查，收集证据，查明事实。

2. 审查起诉：侦查终结后，案件将移送检察机关审查起诉。检察机关将对案件进行全面审查，决定是否提起公诉。

3. 审判判决：如果检察机关决定提起公诉，案件将进入审判阶段。法院将依法审理案件，根据事实和法律作出判决。

4. 执行刑罚：如果医院副院长被判有罪，将依法执行刑罚，包括有期徒刑、罚金等。

四、建议与警示

1. 加强内部管理：医疗机构应加强内部管理，建立健全反腐倡廉制度，加强对医务人员的职业道德教育和法律培训，提高他们的法律意识和廉洁自律意识。

2. 完善监督机制：医疗机构应完善监督机制，加强对药品采购、设备购置等关键环节的监督，防止商业贿赂行为的发生。

3. 积极配合调查：如果医院副院长涉嫌收受药扣，医疗机构应积极配合相关部门的调查工作，提供必要的证据和资料，协助查明事实真相。

4. 警示教育：医疗机构应以此为契机，开展警示教育活动，让全体医务人员深刻认识到商业贿赂的危害性和法律后果，增强他们的廉洁自律意识。

综上所述，医院副院长收受药扣20万的行为已经构成了严重的违法犯罪，将面临严厉的刑事处罚。医疗机构应加强内部管理，完善监督机制，积极配合调查工作，并以此为契机开展警示教育活动。