结论：车辆非法营运发生事故，保险公司是否可以拒赔需分情况讨论，主要取决于保险合同条款约定、事故性质及投保人是否履行如实告知义务等因素。以下是具体分析：

1. 若保险合同明确约定“非法营运免责”，且保险公司已尽到提示说明义务，则保险公司有权拒赔
   根据《保险法》第十七条，保险合同中免除保险人责任的条款（如“非法营运导致的事故不赔”），保险人需在订立合同时以加粗、加黑、单独提示等方式向投保人明确说明，否则该条款不生效。

   • 实务要点：若保险公司能证明已通过投保单、保险条款、风险提示书等书面材料向投保人明确说明“非法营运免责”，且投保人签字确认，则拒赔主张通常会被法院支持。
     
   • 例外情形：若保险公司未履行提示说明义务（如仅在合同中笼统提及“免责条款”，未单独说明“非法营运”的具体含义），则该条款对投保人不产生效力，保险公司仍需赔偿。

2. 若事故性质与非法营运无直接因果关系，保险公司可能仍需赔偿
   根据《保险法》司法解释，保险人以“被保险人违反法律、法规”为由拒赔，需证明违法行为与事故发生存在直接因果关系。

   • 示例：车辆因非法营运被查扣期间，投保人私自驾驶发生事故，此时“非法营运”与事故无直接关联，保险公司通常需赔偿；
     
   • 反例：车辆因超载（非法营运常见行为）导致刹车失灵发生事故，此时“非法营运”与事故存在直接因果关系，保险公司可拒赔。

3. 若投保人未如实告知车辆用途（如将营运车辆按非营运投保），保险公司可解除合同并拒赔
   根据《保险法》第十六条，投保人故意或因重大过失未履行如实告知义务（如隐瞒车辆实际用于营运），足以影响保险人决定是否承保或提高保险费率的，保险人有权解除合同，并对合同解除前发生的事故拒赔。

   • 实务要点：保险公司需证明投保人存在“未如实告知”的主观故意或重大过失（如投保时明确询问车辆用途，投保人谎称“自用”），否则可能被认定为“未尽调查义务”而需赔偿。

建议：若您遇到此类纠纷，可重点核查以下材料：

1. 保险合同中“免责条款”的具体表述及保险公司是否履行提示说明义务；
   
2. 事故认定书中对事故原因的描述（是否与非法营运直接相关）；
   
3. 投保时保险公司是否询问车辆用途及您的回答记录。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体证据为您分析维权路径。