结论概述：公司替政府垫付征地补偿款后，因自身原因未能拍下土地，其赔偿问题需根据具体情况分析，主要包括与政府之间的合同关系、垫付资金的性质及处理方式，以及可能涉及的法律责任和救济途径。
一、合同关系分析
合同性质与效力：
- 公司与政府之间若存在书面合同，明确约定了公司垫付征地补偿款的条件、后续土地拍卖及款项处理等事项，则该合同是双方权利义务的基础。
- 合同需符合《民法典》中关于合同成立、生效及履行的相关规定，如双方意思表示真实、不违反法律强制性规定等。
合同履行情况：
- 若公司已按合同约定垫付了征地补偿款，但因自身原因（如资金不足、未达到拍卖条件等）未能拍下土地，则公司可能构成违约。
- 然而，若违约原因非公司所能控制（如政府政策变化、土地权属争议等），则公司可能不承担或仅承担部分违约责任。
二、垫付资金性质及处理方式
资金性质：
- 垫付资金若被视为借款，则公司有权要求政府按照约定返还本金及可能产生的利息。
- 若垫付资金被视为对政府的预付款或投资，则处理方式可能更为复杂，需根据合同具体条款及双方协商结果确定。
处理方式：
- 双方可协商确定垫付资金的处理方式，如政府返还部分或全部垫付资金、以其他方式补偿公司损失等。
- 若协商不成，公司可依据合同约定或相关法律规定，通过诉讼或仲裁等途径解决争议。
三、法律责任与救济途径
法律责任：
- 若公司因自身原因违约，可能需承担违约责任，包括赔偿政府因此遭受的损失。
- 若政府存在违约行为（如未按约定返还垫付资金、未提供必要的协助等），则政府也需承担相应的法律责任。
救济途径：
- 协商：双方应首先尝试通过友好协商解决争议，以降低成本、提高效率。
- 诉讼：若协商不成，公司可向有管辖权的人民法院提起诉讼，要求政府返还垫付资金、赔偿损失等。
- 仲裁：若合同中约定了仲裁条款，公司也可选择向约定的仲裁机构申请仲裁。
四、特殊情况考虑
- 政府行为合法性：若政府征地行为本身存在违法性（如未依法履行征地程序、未给予合理补偿等），则公司垫付的征地补偿款可能面临无法追回的风险。此时，公司需评估政府行为的合法性，并考虑是否通过法律途径维护自身权益。
- 公司自身风险防控：公司在未来参与类似项目时，应加强对政府行为的合法性审查、完善合同条款、明确双方权利义务及违约责任等，以降低风险。
行动建议：
- 收集证据：公司应收集与垫付征地补偿款相关的所有证据，包括合同、付款凭证、政府文件等，以支持其主张。
- 咨询专业律师：鉴于此类案件涉及复杂的法律关系和较高的法律风险，公司应咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和操作指导。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将竭诚为你服务。