在施工单位中，草拟补充协议通常是由合同管理部门或者法务部门负责的，但具体也可能因公司架构和实际情况有所不同。以下是对这一问题的详细分析：

1. 合同管理部门：

   • 在许多施工单位中，合同管理部门是专门负责合同起草、审核、签订、执行和归档等工作的部门。
   • 当需要对原有合同进行补充或修改时，合同管理部门通常会负责草拟补充协议，以确保补充协议的内容与原有合同相协调，并符合相关法律法规的要求。

2. 法务部门：

   • 法务部门是施工单位中负责法律事务的部门，包括合同审查、法律风险评估、法律纠纷处理等。
   • 在草拟补充协议时，法务部门可能会参与其中，提供法律意见和建议，以确保补充协议的合法性和有效性。特别是在涉及复杂法律问题或高风险合同时，法务部门的参与尤为重要。

3. 其他部门或人员：

   • 在某些情况下，如果补充协议的内容主要涉及某个特定项目或业务领域，那么该项目的负责人或相关业务部门也可能参与草拟工作。
   • 此外，如果施工单位规模较小或没有专门的合同管理部门和法务部门，那么草拟补充协议的工作可能会由其他相关人员（如项目经理、财务人员等）负责，但这种情况下应特别注意法律风险的防范。

建议：

• 无论由哪个部门或人员负责草拟补充协议，都应确保他们具备相应的专业知识和经验，能够准确理解合同条款和法律法规的要求。
• 在草拟过程中，应充分沟通、协商，确保补充协议的内容符合双方当事人的意愿和利益。
• 草拟完成后，应进行仔细的审核和修改，确保补充协议的合法性和有效性。

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