工程补充协议一般由合同管理部门或法务部门负责起草，但具体起草部门可能因公司架构和实际情况有所不同。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同管理部门：

   • 在许多公司中，合同管理部门是专门负责合同起草、审核、签订、执行和归档等工作的部门。
   • 工程补充协议作为原建设工程施工合同的补充，通常由合同管理部门根据原合同的内容和实际情况进行起草，以确保补充协议与原合同的一致性和协调性。

2. 法务部门：

   • 法务部门是公司中负责法律事务的部门，包括合同审查、法律风险评估、法律纠纷处理等。
   • 在起草工程补充协议时，法务部门可以提供法律意见和建议，确保补充协议的内容合法合规，避免潜在的法律风险。
   • 如果公司没有专门的合同管理部门，或者合同管理部门与法务部门有紧密的协作关系，那么法务部门也可能直接负责起草工程补充协议。

3. 其他相关部门：

   • 在某些情况下，工程补充协议的起草可能涉及多个部门，如工程部门、财务部门等。
   • 工程部门可以提供关于工程进度、质量、变更等方面的信息，财务部门可以提供关于付款方式、金额等方面的信息。
   • 这些部门可以与合同管理部门或法务部门共同协作，确保工程补充协议的内容全面、准确。

建议：

• 在起草工程补充协议前，应明确起草部门或起草人，并确保其具备相关的专业知识和经验。
• 起草过程中，应充分与相关部门进行沟通和协作，确保补充协议的内容符合公司的实际需求和利益。
• 起草完成后，应进行严格的审核和审批流程，确保补充协议的合法性和有效性。

如果你在工程补充协议的起草过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。我在公司事务、合同违约责任等领域有丰富的经验，可以为你提供专业的法律支持。