开发商垫付首付款的借款协议，在符合法律规定且不存在无效情形时，是有效的。以下从多个角度进行分析：

一、协议有效的法律基础

1. 合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体有权依照自己的意愿设立、变更、终止民事法律关系。因此，开发商与购房者之间就垫付首付款事宜签订的借款协议，只要双方意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，该协议即具有法律效力。

2. 借款合同的成立与生效：借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同。在开发商垫付首付款的借款协议中，开发商作为贷款人，购房者作为借款人，双方就借款金额、期限、利率等条款达成一致，并签订书面协议，即构成借款合同的成立。只要该合同不存在无效情形（如欺诈、胁迫、恶意串通损害国家、集体或第三人利益等），合同即生效。

二、协议可能无效的情形

1. 违反法律、行政法规的强制性规定：如果借款协议的内容违反了法律、行政法规的强制性规定，如涉及非法集资、高利贷等，则该协议无效。

2. 违背公序良俗：如果借款协议的内容违背了公序良俗，如以合法形式掩盖非法目的，损害社会公共利益等，则该协议同样无效。

3. 存在欺诈、胁迫等情形：如果开发商或购房者在签订借款协议时存在欺诈、胁迫等行为，导致对方在违背真实意思的情况下签订协议，则受损害方有权请求人民法院或仲裁机构撤销该协议。

三、实务中的注意事项

1. 协议条款的明确性：借款协议应明确约定借款金额、期限、利率、还款方式等关键条款，以避免因条款不明确而引发的纠纷。

2. 证据的保存：双方应妥善保存与借款协议相关的证据，如转账记录、收据、聊天记录等，以便在发生纠纷时能够证明自己的主张。

3. 合规性审查：在签订借款协议前，双方应对协议内容进行合规性审查，确保协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。

四、法律后果

1. 有效协议的法律后果：如果借款协议有效，双方应按照协议约定履行各自的义务。购房者应按时还款并支付利息，开发商则有权在购房者违约时要求其承担违约责任。

2. 无效协议的法律后果：如果借款协议无效，因该协议取得的财产应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。

建议：在签订开发商垫付首付款的借款协议时，双方应充分了解相关法律法规，确保协议内容合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。