结论：

1. 司机可以报警：无论司机是否持有网约车证，在遭受乘客醉酒打伤的情况下，都有权报警并寻求法律保护。
2. 未持有网约车证可能会面临处罚：但这一处罚与司机被乘客打伤的事件是分开的，司机仍需就未持证运营的行为接受相关部门的调查和处理。

详细分析：

一、司机可以报警

在遭遇乘客醉酒打伤的情况下，司机作为受害者，完全有权报警并寻求警方的帮助。报警是公民在遭受不法侵害时的基本权利，也是维护自身合法权益的重要途径。警方会依法进行调查，并根据调查结果对打人者进行相应的法律制裁。

二、未持有网约车证可能会面临处罚

1. 网约车运营规定：根据相关规定，从事网约车运营的司机需要持有有效的网约车证。这是为了保障乘客的权益和安全，确保网约车市场的有序运营。

2. 未持证运营的后果：如果司机未持有网约车证而从事网约车运营，一旦被相关部门查处，可能会面临罚款、扣车等行政处罚。这些处罚是针对司机未持证运营的行为，与司机被乘客打伤的事件是分开的。

3. 处罚与报警的独立性：司机被乘客打伤和未持有网约车证是两个独立的事件。司机报警是为了维护自身的人身安全权益，而未持证运营则可能面临行政处罚。两者并不冲突，也不会相互影响。

三、建议与提醒

1. 及时报警并保留证据：司机在遭遇乘客醉酒打伤时，应立即报警并尽可能保留相关证据，如现场照片、视频、证人证言等。这些证据将有助于警方进行调查和后续的法律程序。

2. 配合相关部门调查：对于未持有网约车证的情况，司机应积极配合相关部门的调查和处理工作。如果确实存在未持证运营的行为，应接受相应的处罚并尽快办理相关证件。

3. 增强安全意识：司机在从事网约车运营时，应增强安全意识，注意观察乘客的行为和情绪变化。如遇可疑情况或乘客有暴力倾向时，应及时采取措施保护自身安全。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。