结论：合同约定了几种品牌，建设单位在施工中指定其中唯一品牌是否合法，需根据具体情况判断，主要看该指定行为是否违反了合同约定或相关法律规定。
分析如下：
合同约定优先：
- 如果合同中明确约定了建设单位有权在约定的几种品牌中指定唯一品牌进行施工，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么建设单位的指定行为是合法的。这种情况下，合同双方应当按照合同约定履行各自义务。
违反合同约定的情况：
- 如果合同中并未明确赋予建设单位指定唯一品牌的权利，或者合同中明确规定了不得指定唯一品牌，而建设单位仍然进行了指定，那么该行为可能构成违约。此时，施工单位可以依据合同约定，要求建设单位承担违约责任，如赔偿损失、继续履行合同等。
违反相关法律规定的情况：
- 除了合同约定外，还需要考虑相关法律规定。例如，如果建设单位的指定行为违反了《中华人民共和国招标投标法》中关于公平竞争、公正选择的规定，或者违反了其他相关法律法规的强制性规定，那么该行为也是不合法的。在这种情况下，施工单位可以向相关部门投诉或寻求法律救济。
实际履行中的考量：
- 在实际履行过程中，还需要考虑指定品牌是否影响了工程质量、是否增加了施工成本等因素。如果指定品牌确实导致了不利后果，且这些后果并非施工单位所能预见或控制，那么施工单位也可以据此提出抗辩或要求调整合同条款。
法律建议：
- 对于施工单位而言，在签订合同时应仔细审查合同条款，特别是关于品牌指定的部分，确保自己的权益得到充分保障。
- 如果建设单位在施工中指定了唯一品牌，且施工单位认为该行为不合法或不合理，应及时与建设单位沟通协商，寻求解决方案。
- 如果协商无果，施工单位可以依据合同约定或相关法律规定，向建设单位提出书面异议或要求承担违约责任。必要时，可以寻求法律救济，通过诉讼或仲裁等方式维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果建设单位的指定行为合法且合理，施工单位应按照指定品牌进行施工，否则可能构成违约并承担相应责任。
- 如果建设单位的指定行为不合法或不合理，施工单位有权拒绝并要求建设单位承担违约责任或调整合同条款。如果因此导致工程延误或损失扩大，施工单位还可以要求建设单位赔偿相应损失。