占用农田违建已建成，属于违法行为，需承担相应法律责任并面临整改要求，具体处理方式需结合实际情况分情况讨论：

1. 法律定性：占用农田违建属于违法行为
   根据《土地管理法》第三十五条、第四十四条，永久基本农田经依法划定后，任何单位和个人不得擅自占用或改变用途；建设占用土地需经依法批准，未经批准占用农田建房、建厂等行为均属违法。即使违建已建成，仍需承担法律责任，包括限期拆除、恢复土地原状、罚款等。

2. 处理流程：行政机关的查处程序

   • 立案调查：自然资源部门（原国土部门）发现违建后，会立案调查，核实土地性质、违建面积、用途等，并固定证据（如现场照片、测绘报告）。
     
   • 责令整改：根据调查结果，行政机关会下达《责令改正违法行为通知书》，要求限期拆除违建、恢复土地原状；若拒不整改，可能面临强制执行。
     
   • 行政处罚：对占用永久基本农田的，按《土地管理法实施条例》第五十七条，处每平方米1000元罚款；对占用一般耕地的，处每平方米100元至1000元罚款。
     
   • 强制执行：若当事人未在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼，且拒不履行整改义务，行政机关可申请法院强制拆除违建。

3. 特殊情形：历史遗留问题或符合补办手续条件

   • 历史遗留问题：若违建建于《土地管理法》修订前（如2004年之前），且符合当时政策，可能通过补办手续合法化；但需以当地政策为准，且需满足“一户一宅”、面积合规等条件。
     
   • 补办手续可能：若违建因公共利益需要（如农村公益设施、扶贫项目等），且符合土地利用总体规划，可能通过缴纳罚款、补办用地审批手续等方式保留；但需经县级政府批准，且占用永久基本农田的除外。

4. 法律后果：拒不整改的严重性

   • 刑事责任风险：若占用农田数量较大（如占用永久基本农田5亩以上或一般耕地10亩以上），可能涉嫌《刑法》第三百四十二条“非法占用农用地罪”，处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。
     
   • 信用惩戒：拒不整改的当事人可能被纳入失信被执行人名单，影响贷款、出行等；违建房屋可能无法办理产权登记、抵押贷款等。
     
   • 行政追责：若违建涉及公职人员，可能面临党纪政务处分；若企业违建，可能影响资质审批、政府补贴等。

建议行动：
若已占用农田违建，应立即停止施工，主动联系当地自然资源部门说明情况，配合调查并争取补办手续或减轻处罚；若对行政处罚不服，可在60日内申请行政复议或6个月内提起行政诉讼，但需注意诉讼期间不停止执行。具体操作需结合当地政策，建议提供违建时间、土地性质、用途等细节，以便进一步分析。