在别人家顶楼种菜是否违法，主要取决于是否经过了相关业主和物业的同意，以及是否符合相关法律法规和物业管理规定。 以下是对此问题的详细分析：
一、不违法的情况
经过全体业主和物业同意：
- 若种菜行为已经获得了全体相关业主的一致同意，并且也取得了物业管理部门的许可，同时在种植过程中没有对建筑物的安全、小区的公共秩序和环境卫生等造成不良影响，那么这种情况下在别人家顶楼（实际为小区共有部分或特定业主共有但允许他人使用的部分）种菜是不违法的。但需注意，这里的“别人家顶楼”若严格指某一业主的专有部分且未经其同意，则通常不适用此情况。
符合小区规划或业主公约：
- 有些小区在规划设计时可能已专门划出楼顶区域用于绿化种植，并在业主公约或物业管理规定中明确说明。若按照这些规定在指定区域内合理种植，同样不违法。但这也需要确保种植行为不超出规划或公约的范围。
二、违法的情况及法律依据
违反《物业管理条例》：
- 根据《物业管理条例》的相关规定，物业管理区域内的公共建筑和共用设施不得改变用途。楼顶作为共用设施，擅自用于种植违反了此规定。若未经全体业主或业主大会同意，擅自在楼顶种菜，可能构成对共同利益的侵害。
违反《中华人民共和国民法典》：
- 《中华人民共和国民法典》规定，业主对建筑物专有部分以外的共有部分享有共有和共同管理的权利。楼顶虽可能由特定业主使用，但若其性质为共有部分，则擅自改变用途种菜侵犯了其他业主的权利。此外，若种菜行为导致超重、破坏防水层等，还可能危及建筑物安全，需承担相应责任。
侵犯其他业主权益：
- 楼顶种菜若影响其他业主正常使用或生活（如异味、蚊虫、遮挡阳光等问题），则侵犯了他们的合法权益，可能引发相邻权纠纷。根据《中华人民共和国民法典》关于相邻关系的规定，侵权者需承担停止侵害、排除妨碍、赔偿损失等民事责任。
三、违法行为的后果
- 对于违反规定在楼顶种菜的行为，物业管理公司或业主委员会有权制止并要求违规业主停止侵权行为、恢复原状。
- 若违规业主拒不改正，物业管理公司或业主委员会可向相关部门投诉或提起诉讼以维护全体业主的合法权益。
四、建议与注意事项
- 征得同意：在决定在别人家顶楼种菜前，务必征得全体相关业主和物业的同意，确保行为合法合规。
- 了解规定：了解当地相关法律法规及小区管理规定，确保种菜行为不违反任何规定。
- 评估风险：咨询专业人士评估房屋结构安全性，确保种菜不会造成超重等安全问题。同时，考虑种菜行为可能对其他业主造成的影响，避免引发纠纷。
- 办理手续：若需搭建设施进行种植，应事先申请并获得相关许可，确保符合城市规划要求。
综上所述，在别人家顶楼种菜需谨慎对待。在大多数情况下，未经全体业主或业主大会同意擅自在楼顶种菜是违法的。 如果确实有意在楼顶进行绿化或种植活动，应先征得全体相关业主的同意并办理相关手续以确保合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。