关于“员工迟到一个小时扣全勤是否合理”的问题，这并非一个简单的“是”或“否”能回答的，而是需要从多个角度进行综合考量。以下是我从法律、管理以及公平角度为你进行的详细分析：
法律角度：
- 我国现行的《劳动法》《劳动合同法》等法律法规并未对迟到扣全勤作出明确统一的规定。这意味着，具体是否扣全勤，需依据用人单位与劳动者的约定以及规章制度的合理性来判断。
- 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，并与工会或者职工代表平等协商确定。若规章制度未经合法程序制定，或违反了相关法律法规的精神，如排除了劳动者的合法权益，则该规定可能会被认定为无效。
管理角度：
- 从用人单位的管理角度来看，迟到扣全勤可能是为了维护良好的工作秩序和纪律。然而，这种手段的合理性需考虑其对员工的激励效果及可能产生的负面影响。
- 过于严格的惩罚措施，如一次迟到就扣除全勤奖，可能导致员工产生抵触情绪，影响工作效率和员工士气。全勤奖的设立初衷是为了激励劳动者保持良好的出勤记录，提高工作效率和积极性，因此，惩罚措施应与这一目的相契合。
公平角度：
- 迟到扣全勤的规定应对所有员工一视同仁，体现公平性。不同员工的工作性质、工作内容和工作强度存在差异，一刀切的惩罚措施无法体现个体差异和公平性。
- 如果用人单位在考勤管理上存在不严谨或不合理之处，如考勤记录不准确、迟到判定标准模糊等，也可能导致员工因非自身原因而遭受不公平的待遇。
针对你的情况，我有以下几点建议：
- 与用人单位沟通：首先，你可以尝试与用人单位进行沟通，说明迟到一个小时就扣全勤奖的不合理性，要求用人单位进行调整。这是最直接且成本较低的解决方式。
- 审查规章制度：查看用人单位的规章制度是否经过合法程序制定，并是否进行了公示或告知。若发现违规之处，可向用人单位提出质疑，并要求其进行改正。
- 寻求法律救济：若与用人单位沟通无果，且你认为用人单位的行为违反了相关法律法规或规章制度，你可以向当地的劳动监察部门投诉，或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付被扣除的全勤奖。
最后，我想强调的是，无论是用人单位还是劳动者，都应遵守相关法律法规和规章制度，共同维护良好的劳动关系。用人单位在制定规章制度时，应确保其合法性和合理性；劳动者在遇到不公平待遇时，也应积极维护自己的合法权益。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。