承包人在最终结清申请单中提出索赔，主要基于合同约定及实际履行过程中产生的争议事项。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、索赔的法律依据与合同基础
合同条款：
- 承包人提出索赔的首要依据是施工合同中的相关条款。合同中通常会明确约定索赔的程序、条件、范围及期限等。例如，合同可能规定，因发包人原因导致的工程变更、延误或额外费用支出，承包人有权提出索赔。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于合同的规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。这为承包人提出索赔提供了法律基础。
实际履行情况：
- 承包人需根据实际履行过程中发生的情况，如工程变更、设计修改、施工条件变化等，结合合同条款，判断是否构成索赔条件。
- 例如，若因发包人提供的施工图纸存在错误，导致承包人需要额外投入人力、物力进行修正，承包人可依据合同中的相关条款提出索赔。
二、索赔的类型与范围
工期索赔：
- 因发包人原因导致的工程延误，承包人有权提出工期索赔，要求延长工期以弥补因延误造成的损失。
- 工期索赔的计算通常基于实际延误的天数，并考虑合同中约定的工期顺延条件及程序。
费用索赔：
- 承包人可因发包人原因导致的额外费用支出提出费用索赔，如人工费、材料费、机械费等增加的费用。
- 费用索赔的计算需依据实际发生的费用，并提供相应的证据支持，如发票、收据、合同等。
利润索赔：
- 在某些情况下，承包人还可因发包人违约或工程变更导致预期利润损失而提出利润索赔。
- 利润索赔的计算通常较为复杂，需考虑合同价格、预期利润率、实际完成工程量等因素。
三、索赔的程序与要求
提出索赔的时机：
- 承包人应在合同约定的期限内提出索赔，逾期提出可能被视为放弃索赔权利。
- 通常，承包人应在知道或应当知道索赔事件发生后的一定时间内（如28天）向发包人发出索赔意向通知，并在随后的一定时间内（如另一28天）提交详细的索赔报告。
索赔报告的内容：
- 索赔报告应详细说明索赔的理由、依据、计算过程及结果等。
- 承包人需提供充分的证据支持其索赔请求，如合同文件、施工图纸、变更通知、现场记录、照片、视频等。
索赔的协商与解决：
- 提出索赔后，承包人与发包人应首先进行协商，尝试通过友好方式解决争议。
- 若协商无果，承包人可依据合同中的争议解决条款，选择仲裁或诉讼等方式解决索赔争议。
四、实际操作中的注意事项
及时保留证据：
- 承包人在施工过程中应密切关注可能引发索赔的事件，并及时保留相关证据，如现场记录、照片、视频、往来函件等。
准确计算索赔金额：
- 承包人在提出索赔时，应准确计算索赔金额，避免过高或过低的索赔请求影响索赔的成功率。
遵循合同程序：
- 承包人应严格遵循合同中约定的索赔程序，确保索赔请求的合法性和有效性。
总结来说，承包人在最终结清申请单中提出索赔，需基于合同约定及实际履行过程中产生的争议事项，明确索赔的类型与范围，遵循合同约定的索赔程序与要求，并及时保留证据、准确计算索赔金额。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。