结论：在非法经营罪案件中，即使存在自首、从犯、愿意退费以及初犯等情节，若已经判三年有期徒刑，一般情况下不太可能不起诉，但在特定条件下仍存在不起诉的可能性。以下为你详细分析：

不起诉的一般条件与本案情况分析

根据我国刑事诉讼法的规定，不起诉主要分为法定不起诉、酌定不起诉和证据不足不起诉三种情形。

1. 法定不起诉：是指犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者具有刑事诉讼法第十六条规定情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。刑事诉讼法第十六条规定的情形包括情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；犯罪已过追诉时效期限的；经特赦令免除刑罚的；依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；犯罪嫌疑人、被告人死亡的；其他法律规定免予追究刑事责任的。在本案中，既然已经判三年有期徒刑，说明犯罪事实已经得到认定，不存在法定不起诉中“没有犯罪事实”等情形，所以一般不适用法定不起诉。
2. 酌定不起诉：又称相对不起诉，是指对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。在非法经营罪案件中，自首、从犯、愿意退费以及初犯等情节都属于可以从轻、减轻处罚的情节。自首体现了犯罪嫌疑人认罪悔罪的态度，根据刑法规定，对于自首的犯罪分子，可以从轻或者减轻处罚，其中犯罪较轻的，可以免除处罚；从犯在共同犯罪中起次要或者辅助作用，应当从轻、减轻处罚或者免除处罚；愿意退费表明犯罪嫌疑人积极弥补犯罪行为造成的损失，有一定的悔罪表现；初犯说明犯罪嫌疑人之前没有犯罪记录，主观恶性相对较小。然而，即便具备这些情节，但已经判三年有期徒刑，说明犯罪情节并非轻微到不需要判处刑罚或者可以免除刑罚的程度，所以从常规判断来看，不太符合酌定不起诉的条件。不过，如果存在一些特殊情况，比如非法经营的数额、违法所得等刚刚达到立案标准，且社会危害性较小，综合全案情节，也有可能被认定为犯罪情节轻微，从而适用酌定不起诉。
3. 证据不足不起诉：是指对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。在本案中，既然已经判刑，说明证据应该是比较充分，能够证明犯罪嫌疑人有罪，所以一般不存在证据不足不起诉的情况。

后续可能的发展及建议

1. 如果对判决结果不服：可以在法定期限内提起上诉或者申请再审。上诉是被告人对一审判决不服，在规定期限内向上一级法院提出重新审理的请求；再审则是针对已经发生法律效力的判决、裁定，发现确有错误时，由法院或者检察院提起的重新审理程序。通过上诉或者再审，有可能改变原判决结果，包括争取不起诉或者减轻刑罚等。
2. 在服刑期间的表现：如果在服刑期间表现良好，有立功表现等，可以根据刑法规定获得减刑。减刑是指对正在服刑的犯罪分子，因符合法定减刑条件而依法减轻其原判刑罚的制度。立功表现包括揭发他人犯罪行为，查证属实的；提供重要线索，从而得以侦破其他案件等。

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