结论：若想在签完调解协议后又再次协商金额有变化的情况下彻底结案，有以下几种处理方式，你可以根据实际情况进行选择。

1. 重新签订补充协议
   • 操作方式：当双方就金额变化达成新的合意后，可以签订一份补充协议。在补充协议中明确说明原调解协议中关于金额的条款作废，以新的协商金额为准，同时对其他可能受影响的条款进行相应调整和确认。例如，如果原调解协议约定了付款时间、方式等与金额相关的内容，在补充协议中也要一并明确新的安排。
   • 法律效力：补充协议与原调解协议具有同等的法律效力，只要补充协议的内容不违反法律法规的强制性规定和公序良俗，双方就应当按照补充协议的约定履行各自的义务。一旦双方按照补充协议履行完毕，案件就可以视为彻底结案。
   • 注意事项：签订补充协议时，要确保协议的内容清晰、明确，避免出现歧义。双方应当在协议上签字或盖章，有条件的最好进行公证，以增强协议的证据效力。
2. 申请法院制作调解书（如果是法院调解）
   • 操作方式：如果原调解协议是在法院主持下达成的，双方就金额变化再次协商一致后，可以向法院申请根据新的协商结果制作调解书。法院会对双方的新协商内容进行审查，确认其合法性和自愿性后，制作新的调解书并送达双方当事人。
   • 法律效力：法院制作的调解书具有强制执行力，与判决书具有同等的法律效力。一旦调解书送达双方当事人并生效，当事人就应当按照调解书的内容履行义务。如果一方不履行，另一方可以直接向法院申请强制执行，案件也能彻底结案。
   • 注意事项：向法院申请制作调解书时，要提交书面申请，并附上双方新的协商记录等相关证据材料，以便法院审查。同时，要按照法院的要求参加相关的程序和活动。
3. 履行新协商金额并留存证据
   • 操作方式：如果双方不愿意签订补充协议或申请法院制作调解书，也可以在按照新协商的金额履行义务的过程中，留存好相关的证据，如付款凭证、收条、沟通记录等。这些证据可以证明双方已经就金额变化达成了一致，并且一方已经按照新的金额履行了义务。
   • 法律效力：在对方没有异议的情况下，通过留存证据的方式可以证明案件已经按照新的协商结果处理完毕。但如果对方事后反悔，这些证据可以作为维护自己合法权益的重要依据。不过，这种方式相对于前两种方式，在证据的证明力和稳定性上可能稍弱一些。
   • 注意事项：在履行新协商金额的过程中，要注意证据的收集和保存。付款凭证要注明款项的用途和与案件的关联性；沟通记录要完整、清晰，能够体现双方就金额变化达成一致的意思表示。