结论：针对您闯红灯后在中间停下，待绿灯亮了才走，且没有第三张照片的情况，您可以通过收集证据、了解申诉流程、撰写申诉材料并提交申诉来进行处理。以下是我为您详细分析的申诉步骤和注意事项：
一、了解闯红灯的判定标准
闯红灯的判定通常基于三张照片：第一张是车辆在红灯时未越过停止线的照片；第二张是车辆在红灯时继续前行，越过停止线的照片；第三张则是车辆在红灯时继续行驶，已经进入路口的照片。如果缺少第三张照片，即车辆并未在红灯时完全进入路口，那么从技术上讲，这并不完全构成闯红灯的违法行为。
二、收集证据
行车记录仪视频：如果您的车辆安装了行车记录仪，并且记录了当时的情况，那么这段视频将是非常有力的证据。它可以清晰地展示您的车辆在红灯时是否越过了停止线，以及是否在红灯时继续行驶进入了路口。
现场照片：如果可能的话，您还可以拍摄一些现场照片，特别是停止线和路口的情况，以证明您的车辆并未在红灯时完全进入路口。
三、了解申诉流程
查阅当地交通法规：不同地区的交通法规可能略有不同，因此您需要先查阅当地的交通法规，了解闯红灯的申诉流程和所需材料。
前往交警部门：一般来说，您需要前往处理您违章的交警部门进行申诉。在申诉前，您可以先电话咨询或网上查询具体的申诉流程和所需材料，以便做好充分的准备。
四、撰写申诉材料
在撰写申诉材料时，您需要清晰地陈述事实，提供证据，并说明您的申诉理由。以下是一个简单的申诉材料模板供您参考：
申诉书
尊敬的交警部门：
我是XX（车牌号）的车主，于XX年XX月XX日在XX路口被拍摄到闯红灯的违章行为。然而，我认为这次违章判定存在误判，特此提出申诉。
事实经过：在红灯亮起时，我的车辆已经接近停止线，但由于前方车辆突然刹车，我为了避免追尾而紧急制动，导致车辆停在了停止线中间。随后，我等待绿灯亮起后才继续行驶，并未在红灯时进入路口。
证据材料：
行车记录仪视频：该视频清晰地记录了当时的情况，可以证明我的车辆并未在红灯时进入路口。
现场照片：我拍摄了停止线和路口的照片，以进一步证明我的车辆位置。
申诉理由：根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关规定，闯红灯的判定需要基于三张照片。然而，在本次违章判定中，缺少了第三张照片，即我的车辆并未在红灯时进入路口的照片。因此，我认为这次违章判定存在误判。
恳请交警部门重新审核本次违章行为，并撤销对我的违章处罚。
此致 敬礼！
申诉人：XX 日期：XX年XX月XX日
五、提交申诉并等待结果
将撰写好的申诉材料和相关证据提交给交警部门后，您需要耐心等待审核结果。如果申诉成功，交警部门将撤销对您的违章处罚；如果申诉失败，您也可以了解具体原因，并考虑是否采取其他法律途径进行维权。
最后提醒：在处理此类交通违章问题时，请务必保持冷静和理性，按照规定的流程进行申诉。如果您在申诉过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。