结论：根据您描述的情况，仅因第三张照片未拍，仅对比第二张照片有位移就判定闯红灯，您是有一定理由进行申诉的，但能否申诉成功需结合具体证据和交通法规综合判断。以下从多个角度为您详细分析：

一、交通法规对闯红灯的判定标准

根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关规定，闯红灯的判定通常需要满足一定的条件，即车辆在红灯亮起时，已经越过停止线并继续向前行驶，直至完全通过路口。这一判定过程通常依赖于交通监控设备拍摄的三张照片：

1. 第一张照片：车辆在红灯亮起前，已经越过停止线；
2. 第二张照片：车辆在红灯亮起时，已经越过停止线并处于行驶状态；
3. 第三张照片：车辆继续行驶，直至完全通过路口。

只有这三张照片齐全，且能够清晰反映车辆在红灯亮起时的行驶状态，才能作为判定闯红灯的充分证据。

二、您的情况分析

您提到的情况是，第三张照片未拍，仅对比第二张照片有位移。这确实引发了关于判定闯红灯合理性的疑问。从法律角度来看：

1. 证据不足：如果缺少第三张照片，即车辆完全通过路口的照片，那么仅凭第二张照片（车辆在红灯亮起时越过停止线并处于行驶状态）可能不足以充分证明您闯红灯。因为无法确定车辆是否在红灯亮起后继续行驶并完全通过了路口。
2. 申诉理由：您可以基于证据不足的理由进行申诉，要求交通管理部门重新审查监控录像，确认是否存在第三张照片或是否有其他证据能够证明您闯红灯。如果交通管理部门无法提供充分证据，那么您的申诉有可能成功。

三、申诉流程与建议

1. 收集证据：在申诉前，您可以尝试收集相关证据，如行车记录仪录像、路口监控录像（如果可能）等，以证明您在红灯亮起时并未继续行驶或已经及时停车。
2. 提交申诉：向交通管理部门提交书面申诉材料，详细陈述您的情况和申诉理由，并附上相关证据。
3. 等待处理结果：交通管理部门将在收到申诉材料后进行审查，并给出处理结果。如果申诉成功，交通管理部门将撤销对您闯红灯的处罚。

四、可能面临的法律后果

1. 如果申诉成功：您将无需承担闯红灯的处罚，包括罚款和扣分等。
2. 如果申诉失败：您可能需要接受闯红灯的处罚。但在此情况下，您仍有权通过行政复议或行政诉讼等法律途径维护自己的合法权益。

最后建议：在处理此类交通违章问题时，建议您保持冷静和理性，积极收集证据并按照规定流程进行申诉。如果您在申诉过程中遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。