公安机关会根据具体情况，依法对员工登录公司账号拿走商业秘密的行为进行调查处理，可能涉及刑事立案、侦查、移送审查起诉等程序，具体处理方式取决于行为性质、后果及证据情况。以下从不同角度详细分析：

1. 行为定性：是否构成犯罪

• 若构成犯罪：员工的行为可能涉嫌《刑法》第二百一十九条规定的侵犯商业秘密罪。公安机关会依法立案侦查，收集证据（如账号登录记录、数据下载痕迹、商业秘密内容、公司保密措施等），查明员工是否以不正当手段获取、披露或使用商业秘密，并评估是否给公司造成重大损失（如经济损失、竞争优势丧失等）。
• 若不构成犯罪：若行为情节轻微（如未造成实际损失、未披露商业秘密），可能属于违反公司规章制度或《劳动合同法》的行为，公安机关可能不予刑事立案，但公司可依据内部规定或劳动法追究员工责任（如解除劳动合同、索赔等）。

2. 公安机关的调查流程

• 受理报案：公司发现商业秘密被窃取后，应立即向公安机关报案，提供初步证据（如账号异常登录记录、数据被下载的证明、商业秘密的保密性证明等）。
• 立案侦查：公安机关审查后认为符合立案条件的，会立案侦查，可能采取的措施包括：
  • 询问涉事员工、公司相关人员；
  • 调取公司服务器、账号登录记录等电子数据；
  • 委托鉴定机构评估商业秘密的保密性、价值及损失；
  • 必要时对员工住所、设备进行搜查，扣押涉案物品。
• 移送审查起诉：侦查终结后，若证据充分，公安机关会将案件移送检察院审查起诉；若证据不足，可能撤销案件。

3. 法律后果

• 刑事责任：若构成侵犯商业秘密罪，员工可能面临三年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金；情节特别严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
• 民事赔偿：公司可同时提起民事诉讼，要求员工赔偿因商业秘密泄露造成的经济损失（如研发成本、市场损失、客户流失等）。
• 行政处罚：若行为违反《反不正当竞争法》，市场监管部门可能对员工或关联方作出行政处罚（如罚款、没收违法所得等）。

4. 公司的应对建议

• 立即取证：发现泄露后，第一时间固定证据（如账号登录记录、数据下载日志、商业秘密的保密措施证明等），避免证据灭失。
• 报案与诉讼：根据损失情况，选择向公安机关报案或直接提起民事诉讼，必要时可同时进行。
• 完善保密措施：事后应加强商业秘密保护（如限制账号权限、加密数据、签订保密协议等），防止类似事件再次发生。

总结：员工登录公司账号拿走商业秘密的行为，公安机关会依法调查，根据是否构成犯罪、损失大小等决定是否立案及追究刑事责任。公司应积极配合调查，同时通过民事诉讼索赔，并加强内部保密管理。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。