结论：关于“甲方给分公司的工程总公司不给分公司是否合法”这一问题，不能一概而论，需要分情况讨论。

1. 分公司具有独立承接工程资质的情况

   • 如果分公司具备独立的法人资格或者具有独立承接工程的资质，并且已经以自己的名义与甲方签订了工程合同，那么分公司有权独立享有合同权利并承担合同义务。在这种情况下，总公司无权无故阻止分公司接收甲方支付的工程款项或履行其他合同义务。如果总公司这样做，可能构成对分公司合法权益的侵害，分公司有权通过法律途径维护自己的权益。

2. 分公司不具有独立承接工程资质，以总公司名义承接工程的情况

   • 如果分公司没有独立的法人资格或不具备独立承接工程的资质，而是以总公司的名义承接工程，那么合同的权利和义务实际上是由总公司承担的。在这种情况下，甲方支付的工程款项应当归总公司所有，分公司只是作为总公司的代表或执行机构参与工程实施。因此，总公司不给分公司工程款项（如果款项本应归总公司所有）并不构成违法行为。但是，如果分公司与总公司之间有内部协议，约定了工程款项的分配方式，而总公司违反了这一协议，那么分公司可以依据内部协议向总公司主张权利。

3. 合同中有特别约定的情况

   • 如果甲方、总公司和分公司三方在合同中明确约定了工程款项的支付方式、支付对象等条款，那么应当按照合同约定执行。如果总公司违反了合同约定，不给分公司应得的工程款项，那么分公司有权依据合同条款向总公司主张违约责任，并可以通过法律途径解决争议。

法律建议：

• 在处理此类问题时，首先应当仔细审查合同条款，明确各方的权利和义务。
• 如果分公司认为自己的合法权益受到了侵害，应当及时收集证据，包括合同、付款凭证、内部协议等，以便在必要时通过法律途径维护自己的权益。
• 如果涉及复杂的法律问题或争议较大，建议咨询专业律师，以便得到更具体、更专业的法律建议。

可能法律后果：

• 如果总公司无故阻止分公司接收工程款项或履行其他合同义务，且分公司具备独立承接工程资质或合同中有明确约定，那么总公司可能面临违约责任、赔偿损失等法律后果。
• 如果分公司没有独立承接工程资质且合同中没有特别约定，而分公司试图主张工程款项，可能面临法律上的不利后果，如被认定为无权主张等。

希望以上分析能对您有所帮助。如果您有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。