关于施工总包单位将工程分包出去的违法所得认定问题，这是一个涉及建筑市场秩序和法律法规的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、违法分包的概念
违法分包是指总承包单位或建设单位违反法律法规规定，将建设工程分包给不具备相应资质条件的单位，或者未经允许将工程肢解后以分包名义分别发包，以及施工单位以任何名义将工程或其承包范围内的部分工程对外转包或违法分包的行为。这种行为严重扰乱了建筑市场的正常秩序，必须依法进行严惩。
二、违法所得的认定依据
法律法规：如《建筑工程施工发包与承包违法行为认定查处管理办法》等，这些法规明确了违法分包的情形及相应的法律责任，为违法所得的认定提供了坚实的法律依据。
合同与财务资料：违法分包合同及相关的财务资料，如收款凭证、发票、银行转账记录等，是认定违法所得的重要证据。通过仔细审查这些资料，我们可以确定违法分包的实际收入与成本。
三、违法所得的计算方式
总收入扣除合法成本：违法所得一般为违法分包人因违法分包工程所获得的全部收入，减去为完成该分包工程所支出的合法成本。这里的“合法成本”应严格限定为为完成该违法分包工程而实际发生的、合理的成本支出，如材料费、人工费等。
考虑不当得利因素：如果违法分包人在分包过程中获取了额外利益，例如通过与供应商勾结抬高材料价格，那么这部分额外利益也应计入违法所得之中。
四、特殊情况处理
工程质量合格：即使违法分包的工程质量合格，这并不改变违法分包行为的性质。所得利益仍然属于违法所得，应依法进行没收。
部分履行合同：对于只履行了一部分的违法分包合同，应按照已履行部分所获得的收入扣除相应成本来计算违法所得。
五、法律责任与处罚
根据相关法律法规的规定，对实施违法分包的单位，除责令改正、没收违法所得外，还将处以罚款。罚款数额通常按照项目合同价款的一定比例确定，具体标准可能因地区和具体法规而有所不同。此外，相关责任单位和责任人还可能面临停业整顿、降低资质等级、吊销资质证书等其他法律责任。
六、合规建议
为了避免违法分包行为的发生，施工总包单位应严格遵守相关法律法规和规章制度，确保工程项目的合法合规进行。具体建议包括：
严格审查分包单位资质：确保分包单位具备合法资质和业绩，避免将工程分包给不具备相应条件的单位。
规范合同管理：在合同中明确约定分包范围、权利义务及违约责任，确保合同的合法性和有效性。
加强过程监管：定期检查分包单位的人员、设备投入情况，确保分包工程按照合同要求进行施工。
完善内控制度：建立合规管理体系，加强内部监督和管理，防范法律风险的发生。
综上所述，对于施工总包单位将工程分包出去的违法所得认定问题，我们需要综合考虑多方面因素，确保处罚的公正性、合理性和有效性。同时，也需加强监管力度，提高违法成本，以维护建筑市场的良好秩序。