违法转包和分包所得的认定，主要依据相关法律法规，结合违法所得的实际获取情况进行综合判断。以下从认定依据、计算方式及特殊情况处理三个角度进行详细分析：
一、认定依据
违法转包和分包所得的认定，首先需明确违法行为的性质。根据《建筑工程施工发包与承包违法行为认定查处管理办法》等相关法律法规，违法转包和分包主要包括以下情形：
违法转包：
- 承包单位将其承包的全部工程转给其他单位或个人施工；
- 承包单位将其承包的全部工程肢解后以分包名义分别转给其他单位或个人施工；
- 施工总承包或专业承包单位未派驻主要管理人员，或派驻人员与施工单位无劳动合同及社保关系，且未对施工活动进行组织管理；
- 主要建筑材料、构配件及工程设备由其他单位或个人采购、租赁，且施工单位无法提供合理证明；
- 专业作业承包人承包范围涵盖承包单位的全部工程，并计取除“管理费”外的全部工程价款；
- 承包单位通过合作、联营、个人承包等形式直接或间接将其承包的全部工程转包；
- 专业工程的发包单位非施工总承包或专业承包单位（除非建设单位依约作为发包单位）；
- 施工合同主体间无工程款收付关系，或承包单位收款后转拨给其他单位和个人且无法合理解释。
违法分包：
- 承包单位将工程分包给个人；
- 施工总承包或专业承包单位将工程分包给不具备相应资质的单位；
- 施工总承包单位将施工总承包合同范围内工程主体结构的施工分包给其他单位（钢结构工程除外）；
- 专业分包单位将其承包的专业工程中非劳务作业部分再分包；
- 劳务分包单位将其承包的劳务再分包；
- 劳务分包单位除计取劳务作业费用外，还计取主要建筑材料款、大中型施工机械设备及主要周转材料费用；
- 施工合同中无约定，又未经建设单位认可，施工单位擅自将其承包的部分工程交由其他单位施工。
二、计算方式
违法所得的计算，一般遵循“总收入扣除合法成本”的原则，同时考虑不当得利因素。具体计算方式如下：
总收入扣除合法成本：
- 违法所得 = 违法分包或转包人因违法行为所获得的全部收入 - 为完成该违法工程所支出的合法成本。
- 这里的“合法成本”应严格限于为完成该违法工程而实际发生的、合理的成本支出，如人工费、材料费、机械费等。
考虑不当得利因素：
- 如果违法分包或转包人在分包或转包过程中获取了额外利益（如通过与供应商勾结抬高材料价格），这部分额外利益也应计入违法所得。
三、特殊情况处理
在认定违法所得时，还需考虑一些特殊情况：
工程质量合格：
- 即使违法分包或转包的工程质量合格，也不改变违法行为的性质，所得利益仍属于违法所得，应依法予以没收。
部分履行合同：
- 对于只履行了一部分的违法分包或转包合同，应按照已履行部分所获得的收入扣除相应成本来计算违法所得。
四、法律责任与处罚
根据《建筑工程施工发包与承包违法行为认定查处管理办法》的规定，对实施违法转包和分包的单位，除责令改正、没收违法所得外，还将处以罚款。罚款数额根据项目合同价款的一定比例确定，具体标准如下：
- 依照相关条款被认定的违法转包和分包行为，罚款数额按照项目合同价款的2%以上4%以下计算（或其他相应比例，视具体条款而定）。
此外，相关责任单位和责任人还可能面临停业整顿、降低资质等级、吊销资质证书等其他法律责任。
总结来说，违法转包和分包所得的认定是一个复杂而细致的过程，需要综合考虑多方面因素。在实际操作中，建议相关单位和个人严格遵守相关法律法规和规章制度，确保工程项目的合法合规进行。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。