建设单位一般无权直接扣除平行发包单位未缴纳给总包方的总包配合服务费，但具体情况需依据合同约定和法律规定来综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
总包合同与平行发包合同的关系：
- 总包合同是建设单位与总包方之间签订的，明确了总包方的权利和义务，包括总包配合服务费的收取。
- 平行发包合同是建设单位与平行发包单位之间签订的，它可能涉及与总包方的配合问题，但并不直接规定总包配合服务费的支付。
合同中的明确约定：
- 如果总包合同或平行发包合同中明确规定了建设单位有权在平行发包单位未支付总包配合服务费时进行扣除，并且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么建设单位可能有权进行扣除。
- 然而，在大多数情况下，合同中可能并未明确赋予建设单位这样的权利，而是规定了总包方与平行发包单位之间的直接支付关系。
二、法律规定角度
合同相对性原则：
- 根据合同法的原则，合同具有相对性，即合同的权利和义务只约束合同当事人。因此，总包配合服务费的支付义务通常应由平行发包单位直接向总包方履行，建设单位并非该支付关系的直接当事人。
无权代扣代缴：
- 除非法律另有规定或合同另有约定，否则建设单位无权直接扣除平行发包单位应支付给总包方的费用。这种扣除行为可能构成对总包方财产权的侵犯。
三、实际操作与风险防范
明确合同条款：
- 为避免此类纠纷，建设单位在签订总包合同和平行发包合同时，应明确约定总包配合服务费的支付方式、支付时间以及违约责任等条款。
- 如果希望建设单位在平行发包单位未支付时享有扣除权，应在合同中明确约定，并确保该约定不违反法律法规的强制性规定。
加强沟通与协调：
- 在施工过程中，建设单位应加强与总包方和平行发包单位的沟通与协调，确保总包配合服务费的及时支付。
- 如果出现支付纠纷，应及时通过协商、调解或诉讼等方式解决，以避免影响工程进度和质量。
法律风险防范：
- 建设单位在行使任何权利时，都应确保符合法律法规的规定，避免因违法操作而承担法律责任。
- 如果对合同条款或法律规定存在疑问，应及时咨询专业律师，以确保自身权益的合法性和有效性。
总结与建议：建设单位在处理平行发包单位未缴纳总包配合服务费的问题时，应首先审查合同条款和法律规定，明确自身权利和义务。如果合同中未明确赋予建设单位扣除权，且法律规定也未支持此类行为，那么建设单位应通过其他合法途径解决支付纠纷，如与平行发包单位协商、调解或提起诉讼等。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。