信访复核过程中，确实可以指出行政机关程序违法。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、信访复核的性质与目的
信访复核是信访程序中的一个重要环节，旨在通过上级行政机关的审查，纠正下级行政机关在处理信访事项过程中的错误或不当行为，保障信访人的合法权益。因此，信访复核不仅关注信访事项的实体处理结果，也重视处理过程中的程序合法性。
二、程序违法是信访复核的审查内容之一
在信访复核过程中，上级行政机关会对下级行政机关处理信访事项的程序进行全面审查。这包括但不限于：
步骤缺失：如下级行政机关未履行法定程序环节，如未告知信访人拟作出处理决定的事实、理由及依据，或未听取信访人的陈述申辩等。
顺序颠倒：如下级行政机关颠倒法定程序的先后顺序，如先作出处理决定再进行调查取证等。
方式违法：如下级行政机关未采用法定的行为方式，如应以书面形式作出的决定却以口头通知代替等。
时限超期：如下级行政机关未在法定期限内作出处理决定或回复信访人等。
三、指出程序违法的法律后果
如果在信访复核过程中发现下级行政机关存在程序违法情形，上级行政机关会根据具体情况采取相应的纠正措施。这可能包括：
撤销原处理决定：如果程序违法严重影响了处理结果的公正性，上级行政机关可能会撤销下级行政机关的原处理决定，并要求其重新作出处理。
责令改正：对于程序违法情节较轻的情况，上级行政机关可能会责令下级行政机关在规定期限内改正程序违法行为，并重新审查信访事项。
确认违法：在某些情况下，上级行政机关可能会直接确认下级行政机关的程序违法行为，并告知信访人可以依法寻求其他救济途径，如行政复议或行政诉讼等。
四、实际操作中的注意事项
充分举证：信访人在提出信访复核申请时，应尽可能提供充分的证据来证明下级行政机关存在程序违法行为。这可以包括书面材料、录音录像、证人证言等。
明确诉求：信访人在申请信访复核时，应明确提出要求上级行政机关审查下级行政机关程序合法性的诉求，以便上级行政机关能够有针对性地进行审查。
遵循程序：信访人应严格按照信访复核的程序要求进行申请和参与审查过程，确保自己的权益得到充分保障。
总结来说，信访复核过程中可以指出行政机关程序违法，并且这是信访复核程序的重要审查内容之一。信访人应充分利用这一机制来维护自己的合法权益，并在实际操作中注意充分举证、明确诉求和遵循程序等事项。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。