在合同纠纷案件中，若被告代理人不承认真实性且无法确认相关证据，原告可以从以下几个角度进行反驳：

1. 证据来源与合法性：

   • 强调证据来源的合法性：原告可以详细阐述证据的来源，证明其是通过合法途径获取的，如合同原件、双方往来的邮件、短信记录、转账凭证等，这些均是在合同履行过程中自然形成的，具有合法性。
   • 反驳非法证据质疑：若被告质疑证据来源非法，原告需提供反证，证明证据的收集过程并未违反法律规定，如未侵犯他人隐私、未采用非法手段获取等。

2. 证据内容与合同关联性：

   • 阐述证据内容与合同条款的对应关系：原告应详细解释证据中的具体内容与合同条款之间的关联，如合同中的约定事项、履行情况、违约责任等，在证据中均有明确体现。
   • 提供辅助证据增强说服力：若单份证据不足以证明事实，原告可以提供其他辅助证据，如证人证言、鉴定意见等，以形成完整的证据链，增强证据的说服力。

3. 被告行为与证据真实性：

   • 指出被告行为与证据内容的一致性：原告可以分析被告在合同履行过程中的行为，如付款记录、交货记录等，与证据中的内容相吻合，从而证明证据的真实性。
   • 反驳被告否认的合理性：原告可以质疑被告否认证据真实性的动机和合理性，如被告是否为了逃避法律责任而故意否认，或者是否存在其他利益冲突导致被告否认。

4. 申请鉴定或专家意见：

   • 申请对证据进行鉴定：若证据的真实性存在争议，原告可以向法院申请对证据进行鉴定，如笔迹鉴定、指纹鉴定、文件形成时间鉴定等，以通过科学手段证明证据的真实性。
   • 引入专家意见支持主张：原告还可以邀请相关领域的专家出庭作证，就证据的真实性、合法性、关联性等问题提供专业意见，以支持原告的主张。

5. 利用法律程序与规则：

   • 依据举证责任分配原则：根据《民事诉讼法》及相关司法解释的规定，原告应承担举证责任，证明其主张的事实。若被告否认证据真实性，但未能提供反证，则应承担不利后果。原告可以强调这一点，要求法院依法认定证据的真实性。
   • 申请法院调查取证：若原告因客观原因无法自行收集证据，可以向法院申请调查取证。法院有权依职权或依申请调查收集证据，以查明案件事实。

在反驳过程中，原告还需注意以下几点：

• 保持冷静与理性：在庭审过程中，原告应保持冷静与理性，避免情绪化表达，以免影响法官对案件的判断。
• 准备充分：原告应提前准备好所有相关证据和反驳材料，确保在庭审过程中能够迅速、准确地回应被告的质疑。
• 遵循法律程序：原告应严格遵守法律程序和规则，不得采用非法手段获取证据或进行反驳，以免触犯法律。