当有证人证言但被告人不承认时，案件的处理会涉及多个法律环节和考量因素，以下从几个关键角度为你详细分析：

1. 证人证言的效力与审查

   • 证人证言作为法定证据种类之一，其效力取决于证人的感知能力、记忆准确性、表达能力以及是否受到外界不当影响等因素。法院在审理案件时，会对证人证言进行全面审查，包括证人的身份、与案件的关系、证言的来源及真实性等。
   • 若证人证言经过审查被认为真实可靠，且与其他证据相互印证，即使被告人不承认，该证言仍可能成为定案的重要依据。

2. 被告人的否认与举证责任

   • 被告人有权对指控进行否认，这是其诉讼权利的一部分。然而，单纯的否认并不足以推翻证人证言或其他证据。
   • 在刑事诉讼中，举证责任主要由公诉机关承担，即公诉机关需要提供足够的证据证明被告人有罪。被告人通常不需要自证无罪，但在某些情况下，如提出积极抗辩（如正当防卫、精神疾病等），可能需要承担一定的举证责任。

3. 其他证据的收集与运用

   • 除了证人证言外，案件的处理还依赖于其他类型的证据，如物证、书证、视听资料、电子数据、鉴定意见等。这些证据可以单独或共同证明案件事实。
   • 若公诉机关能够收集到其他充分、确实的证据，与证人证言形成完整的证据链，即使被告人不承认，法院仍可能根据证据认定其有罪。

4. 法庭审理与辩论

   • 在法庭审理过程中，公诉机关和被告人（或其辩护人）会就证据的效力、案件事实的认定等问题进行辩论。法庭会充分听取双方的意见，并根据法律规定和证据情况作出判决。
   • 若被告人对证人证言提出合理质疑，法庭可能会要求证人出庭接受质询，或者要求公诉机关提供其他证据来支持其指控。

5. 可能的法律后果

   • 若法院认为公诉机关提供的证据充分、确实，能够证明被告人有罪，即使被告人不承认，法院仍可能作出有罪判决。
   • 反之，若法院认为证据不足或存在合理怀疑，无法排除被告人无罪的可能性，法院可能会作出无罪判决或证据不足不起诉的决定。

给你的建议：

• 若你作为案件的一方，面对证人证言与被告人否认的情况，应积极收集其他证据来支持你的主张。
• 在法庭审理过程中，充分行使你的诉讼权利，对证人证言和其他证据进行质证和辩论。
• 如有需要，可以寻求专业律师的帮助，以便更好地维护你的合法权益。

最后，每个案件的具体情况都有所不同，法律的处理也会因案件事实、证据情况等因素而有所差异。因此，在处理具体案件时，建议直接向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律建议。