结论前置：分公司负责人离职后公司未涤除登记的，可通过协商、行政投诉、诉讼三种途径解决，具体如下：
一、协商解决：优先尝试的温和方式
法律依据
根据《公司登记管理条例》第48条，分公司变更登记事项（包括负责人）应自变更决定作出之日起30日内申请变更登记。公司未履行该义务属于行政违规，但法律未直接赋予个人直接起诉权，故协商是首选。
操作建议
- 书面催告：向总公司发送《涤除登记催告函》，明确离职事实、登记信息不符现状、要求限期变更，并留存送达证据（如EMS邮寄回执）。
- 协商要点：可提出由公司出具《离职证明》或《变更登记授权书》，降低后续操作阻力；若公司配合，可同步签署《和解协议》明确双方权利义务。
二、行政投诉：借助市场监管部门压力
投诉路径
向分公司注册地的市场监督管理局（原工商局）提交《投诉举报书》，附上离职证明、身份证复印件、分公司营业执照等材料，要求依据《公司登记管理条例》第68条对公司处以1万元以上10万元以下罚款，并责令限期变更。
效果评估
- 优势：行政处罚具有强制性，公司为避免罚款可能主动配合变更。
- 局限：市场监管部门仅能处罚公司，无法直接强制变更登记，若公司拒不执行仍需通过诉讼解决。
三、诉讼解决：终极救济手段
案由选择
以“请求变更公司登记纠纷”为案由起诉总公司，要求判令公司向市场监管部门申请涤除原负责人登记信息。
证据清单
- 主体证据：分公司营业执照、公司章程（证明分公司隶属关系）；
- 离职证据：劳动合同解除协议、离职交接单、工资结算单等；
- 损害证据：因登记未变更导致的银行账户冻结、税务处罚、第三方索赔等材料（如有）。
裁判规则
- 支持涤除情形：法院通常认为，负责人登记具有公示效力，离职后公司未变更登记可能使原负责人承担潜在法律风险（如分公司债务连带责任），故会判令公司履行变更义务。
- 例外情形：若公司能证明涤除登记将损害第三方利益（如分公司正在清算、存在未了结债务），法院可能暂缓判决或要求公司提供担保后再变更。
四、风险防范建议
- 离职前预防：在离职协议中明确约定“公司应在离职后X日内完成负责人变更登记，逾期每延迟一日按日万分之五支付违约金”，通过合同条款约束公司行为。
- 登记信息备份：离职前可至市场监管部门调取分公司登记档案，留存原负责人登记信息作为后续维权证据。
- 公告声明：若公司拒不变更且存在重大风险（如分公司涉嫌违法经营），可考虑在省级报纸发布《离职声明》，降低个人责任风险。
行动建议：建议先按“协商→行政投诉→诉讼”的顺序逐步推进，若前两步无果，可携带相关材料向我进一步咨询诉讼方案细节。