结论：公司以社保补贴形式发放到工资，再由员工工资扣除社保的做法不合法。以下从多个角度详细分析：

从法律强制性规定角度

根据《社会保险法》以及相关社保政策规定，用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，缴纳社会保险费。这是法律的强制性要求，用人单位不能通过任何形式规避这一义务。

社会保险费用的缴纳有着明确的程序和方式，用人单位应当按照规定，将单位应承担的部分和从员工工资中代扣代缴的个人部分，一并足额缴纳至社会保险经办机构指定的账户。而公司先将社保补贴发放到工资，再扣除社保的做法，实际上是在变相地改变社保费用的缴纳方式，试图逃避法律规定的用人单位应承担的直接缴纳义务，违反了法律的强制性规定。

从保障员工权益角度

这种做法损害了员工的合法权益。社会保险为员工提供了养老、医疗、失业、工伤和生育等多方面的保障。如果公司采用这种不合法的方式操作，可能会导致社保费用的缴纳出现不及时、不足额等问题。

例如，在员工发生工伤时，如果公司没有按照规定正常缴纳工伤保险费，那么工伤保险基金可能不会承担相应的赔偿责任，而公司可能会以各种理由推诿责任，最终使员工无法获得应有的工伤待遇，严重影响了员工的生活和健康保障。

从税务和财务合规角度

从税务方面来看，社保费用的缴纳与企业的税务申报和缴纳密切相关。公司这种不规范的社保缴纳方式可能会导致税务申报不准确，影响企业的税务合规。

在财务上，这种操作也会使公司的财务报表不能真实反映企业的成本和费用情况。社保补贴和社保费用的扣除在财务处理上有着严格的规定，不按照规定操作可能会导致财务数据混乱，给企业的财务管理带来风险，同时也可能面临税务机关和审计部门的审查和处罚。

合法合规的做法

公司应当按照法律规定，将单位应承担的社保费用和从员工工资中代扣的个人社保费用，及时、足额地缴纳至社会保险经办机构。在工资发放时，明确列示员工的应发工资、社保个人缴纳部分、个税等项目，让员工清楚了解自己的工资构成和社保缴纳情况。

如果公司确实存在资金困难等问题，需要与员工协商解决社保缴纳问题，也必须遵循法律规定的程序，不能自行采用这种不合法的操作方式。

如果公司存在这种违法行为，员工可以向当地劳动监察部门投诉，维护自己的合法权益。如果你还有其他关于劳动法律方面的问题，可以直接向我咨询。