医疗机构年审未通过仍继续执业的，将面临行政处罚，包括警告、罚款，情节严重的还可能被责令停业整顿或吊销执业许可证。具体分析如下：
法律依据：
- 根据《医疗机构管理条例》第四十五条：“违反本条例第二十六条规定，诊疗活动超出登记范围或者使用未取得处方权的人员、被取消处方权的医师开具处方的，由县级以上人民政府卫生行政部门予以警告、责令其改正，没收违法所得，并可以根据情节处以1万元以上10万元以下的罚款；情节严重的，吊销其《医疗机构执业许可证》或者责令其停止执业活动。”虽然该条款直接提及的是诊疗活动超出登记范围等情形，但年审未通过仍继续执业，本质上也是违反了医疗机构执业管理的相关规定，可参照此精神进行处罚。
- 更直接相关的是，若年审未通过涉及的是医疗机构未按照规定进行年度校验等情形，根据《医疗机构管理条例实施细则》第七十条：“医疗机构有下列情形之一的，登记机关可以根据情况，给予一至六个月的暂缓校验期：（一）不符合《医疗机构基本标准》；（二）限期改正期间；（三）省、自治区、直辖市卫生行政部门规定的其他情形。不设床位的医疗机构在暂缓校验期内不得执业。暂缓校验期满仍不能通过校验的，由登记机关注销其《医疗机构执业许可证》。”以及第七十三条：“对未取得《医疗机构执业许可证》擅自执业的，责令其停止执业活动，没收非法所得和药品、器械，并处以三千元以下的罚款；有下列情形之一的，责令其停止执业活动，没收非法所得和药品、器械，处以三千元以上一万元以下的罚款：（一）因擅自执业曾受过卫生行政部门处罚；（二）擅自执业的人员为非卫生技术专业人员；（三）擅自执业时间在三个月以上；（四）给患者造成伤害；（五）使用假药、劣药蒙骗患者；（六）以行医为名骗取患者钱物；（七）省、自治区、直辖市卫生行政部门规定的其他情形。对于年审未通过仍继续执业的，虽未直接提及，但可视为一种违规执业行为，卫生行政部门有权依据相关条款的精神，结合具体情况给予警告、罚款等处罚，情节严重的，可责令停业整顿或吊销执业许可证。”
处罚措施：
- 警告：对于初次违规或情节较轻的，卫生行政部门可能会先给予警告，要求医疗机构立即停止违规行为，并进行整改。
- 罚款：根据违规情节的严重程度，卫生行政部门可以对医疗机构处以一定数额的罚款，罚款金额可能因地区和具体违规情况而异。
- 责令停业整顿：对于违规情节严重或多次违规的医疗机构，卫生行政部门可以责令其停业整顿，期间不得继续执业。
- 吊销执业许可证：对于情节特别严重或拒不整改的医疗机构，卫生行政部门有权吊销其《医疗机构执业许可证》，取消其执业资格。
实际执行中的考量：
- 在实际执行中，卫生行政部门会根据医疗机构的违规情节、社会影响、患者安全等因素综合考量，决定给予何种处罚。
- 医疗机构在接到处罚通知后，有权进行陈述和申辩，甚至可以申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自身合法权益。
建议：医疗机构应严格遵守相关法律法规，按时进行年度校验和审核，确保执业活动的合法性和合规性。若因特殊原因未能通过年审，应及时整改并申请重新审核，避免继续违规执业带来的法律风险和不良后果。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可直接向我咨询。