结论：在合同到期单位不再续签，但劳动者已签个人申请离职的情况下，赔偿问题需分情况讨论，一般可能无法获得经济补偿，但存在例外情形时劳动者可主张相应权益。具体如下：

1. 若个人申请离职系劳动者真实意思表示且与单位不续签合同无直接关联
   • 分析：当劳动者主动签署个人申请离职文件，且该行为是其自主决定，并非受到单位胁迫、欺诈等非自愿因素影响，同时单位不续签合同这一行为与劳动者主动离职之间不存在因果关系时，从法律层面看，劳动者主动离职的行为视为其放弃了继续在单位工作的权利。根据《劳动合同法》规定，劳动者主动提出解除劳动合同的，用人单位通常无需支付经济补偿。而单位不续签合同这一情况，因劳动者已先行主动离职，也不再适用合同到期不续签应支付经济补偿的相关规定。
   • 举例：小李与单位的劳动合同即将到期，单位明确表示不再续签。但在此之前，小李因个人职业规划原因，已向单位提交了个人申请离职报告，且离职报告中的离职时间早于合同到期日。这种情况下，小李主动离职，单位无需支付经济补偿。
2. 若个人申请离职存在被误导、胁迫等非真实意思表示情形，且与单位不续签合同存在关联
   • 分析：如果劳动者签署个人申请离职并非出于自愿，而是受到单位的误导、胁迫等，例如单位以不支付工资、不办理离职手续等理由威胁劳动者签署离职申请，或者向劳动者虚假承诺签署离职申请后会给予某些利益但实际上并未履行。并且单位的这种行为导致劳动者在合同到期时无法正常主张因单位不续签合同应获得的经济补偿权益，那么劳动者可以主张该个人申请离职并非其真实意思表示，要求认定离职行为无效。在这种情况下，单位不续签合同仍应按照《劳动合同法》规定向劳动者支付经济补偿。经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
   • 举例：小张与单位合同到期前，单位告知小张如果不签署个人申请离职，就不给他发放最后一个月的工资，并且不会为他办理离职证明等手续。小张在胁迫下签署了离职申请。之后单位以小张已主动离职为由，拒绝支付因合同到期不续签的经济补偿。此时小张可以通过法律途径主张离职申请无效，要求单位支付相应的经济补偿。
3. 若单位存在违法情形导致劳动者签署个人申请离职
   • 分析：若单位存在未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件、未及时足额支付劳动报酬、未依法为劳动者缴纳社会保险费等违法行为，劳动者因此提出解除劳动合同（签署个人申请离职），根据《劳动合同法》规定，单位应当向劳动者支付经济补偿。即便此时合同也即将到期且单位表示不续签，劳动者仍有权要求单位支付经济补偿，因为单位的违法行为是导致劳动者离职的直接原因。
   • 举例：小王所在单位长期拖欠其工资，小王多次与单位沟通无果后，向单位提交了个人申请离职报告。同时，小王与单位的劳动合同也即将到期，单位明确表示不再续签。此时，小王可以依据单位未及时足额支付劳动报酬这一违法行为，要求单位支付经济补偿。

建议：如果你遇到此类情况，建议收集相关证据，如劳动合同、离职申请、单位不续签通知、工资发放记录、与单位沟通的记录等，以证明自己的主张。如有需要，可进一步向我咨询具体法律事宜。