针对您提出的“员工虚开普通发票怎么处理”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，虚开发票是一种违反发票管理法规的行为，其严重性取决于虚开的金额以及是否构成犯罪。根据《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，对于虚开发票的处理，主要分为行政处罚和刑事处罚两种。
一、行政处罚
没收违法所得：税务机关在发现虚开发票行为后，会首先没收虚开发票所获得的违法所得。
罚款：
二、刑事处罚
如果虚开发票的行为情节严重，构成犯罪，那么税务机关将依法将案件移送司法机关处理。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，虚开发票罪可能面临的刑事处罚包括有期徒刑、拘役和罚金等。
三、具体处理流程
税务机关调查：税务机关在接到举报或发现虚开发票线索后，会展开调查，收集相关证据。
作出行政处罚决定：根据调查结果，税务机关会作出行政处罚决定，包括没收违法所得、罚款等。
移送司法机关：如果虚开发票行为构成犯罪，税务机关将依法将案件移送司法机关，由司法机关进行刑事审判。
四、实际案例参考
以您提供的处罚决定为例，某公司在没有真实业务发生的情况下，通过支付开票费取得了虚开的增值税电子普通发票。税务机关在调查后，根据《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，对该公司的虚开发票行为处以了5万元的罚款。这一案例充分说明了税务机关对虚开发票行为的严厉打击态度。
五、建议
加强内部管理：企业应建立健全的发票管理制度，加强对员工的培训和监督，防止虚开发票行为的发生。
及时自查自纠：企业应定期进行自查自纠，及时发现并纠正虚开发票等违法行为。
积极配合税务机关调查：如果企业被税务机关调查涉嫌虚开发票行为，应积极配合调查，提供相关证据和资料，以便税务机关尽快查明事实真相。
综上所述，对于员工虚开普通发票的行为，企业应高度重视并加强内部管理，同时积极配合税务机关的调查和处理工作。如果虚开发票行为构成犯罪，还将面临刑事处罚的严重后果。