主动登记上交的违纪款是否需要扣押，需分情况讨论：

1. 从法律程序角度
   若违纪款涉及正在调查的案件（如职务违法、贪污受贿等），根据《监察法》《刑事诉讼法》相关规定，监察机关或司法机关有权依法对涉案财物采取查封、扣押、冻结等措施。此时，即使当事人主动上交，款项仍可能被扣押，作为证据固定或后续处理依据。
   例外情形：若款项性质明确、来源清晰，且与案件无直接关联（如误交、超额上交），可依法返还或不予扣押。

2. 从款项性质角度

   • 违纪所得：若款项属于违反党纪、政纪规定获取的收益（如违规收受礼品、礼金），根据《中国共产党纪律处分条例》《行政机关公务员处分条例》等规定，需依法予以没收、追缴或责令退赔。此类款项通常由纪检监察机关直接收缴，无需扣押程序。
     
   • 违法犯罪所得：若款项涉及违法犯罪行为（如贪污、受贿、挪用公款），则需通过司法程序扣押，最终由法院判决没收或返还。

3. 从主动上交的影响角度
   主动登记上交违纪款是法定从轻、减轻情节（如《刑法》第六十七条关于自首的规定）。但这一情节仅影响量刑，不改变款项的违法性质。因此，是否扣押仍取决于款项与案件的关联性及法律程序要求，与上交主动性无直接因果关系。

建议：

• 若您或他人涉及此类情形，建议保留上交凭证（如缴款书、收据），并配合调查机关说明款项来源、性质及上交动机。
  
• 如对扣押措施有异议，可依法申请复议或提出申诉，但需在专业律师指导下进行，避免影响案件处理。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律应对方案。