执业医师未备案在该医疗机构行医的，将面临行政处罚，具体处罚措施需根据情节严重程度确定。以下从不同角度详细分析：

1. 法律依据与处罚原则
   根据《中华人民共和国医师法》第五十七条，医师未按照注册的执业地点、执业类别、执业范围执业的，由县级以上人民政府卫生健康主管部门责令改正，给予警告，没收违法所得，并处一万元以上三万元以下的罚款；情节严重的，责令暂停六个月以上一年以下执业活动直至吊销医师执业证书。
   未备案行医属于“未按照注册执业地点执业”的典型情形，处罚核心在于“未备案”是否导致诊疗行为超出合法范围。若医师已取得执业资格但未在当地卫生行政部门备案，仍可能被认定为违规执业。

2. 情节轻重的认定标准

   • 一般情节：首次违规、未造成患者损害、主动配合调查的，通常处以警告、没收违法所得，并罚款1万-3万元。
     
   • 情节严重：多次违规、造成患者人身损害、拒不改正或存在其他恶劣情节（如伪造文件）的，可能面临暂停执业6个月至1年，甚至吊销执业证书。
     例如：若医师在未备案的机构长期坐诊并引发医疗事故，将直接触发“情节严重”条款。

3. 特殊情形与例外

   • 紧急救治：根据《医师法》第二十七条，医师在突发事件中自愿实施紧急救护的，不受执业地点限制，不构成违规。
     
   • 多点执业备案：若医师已通过正规流程申请多点执业备案，即使未在原机构备案，也不属于违规（需以当地卫健委备案记录为准）。
     
   • 退休返聘：退休医师被原机构返聘的，需重新办理执业地点变更或备案；若未办理，仍可能被处罚。

4. 实务建议

   • 对医师：行医前务必确认执业地点已备案，可通过当地卫健委官网或政务服务系统查询备案状态；跨机构执业时，优先选择已签订多点执业协议的机构。
     
   • 对医疗机构：需建立医师执业资质审核机制，定期核查备案信息，避免因管理疏漏承担连带责任（如《医疗机构管理条例》第四十七条规定的“使用非卫生技术人员”处罚）。
     

温馨提示：若您或您所在的机构涉及此类问题，建议立即停止违规行为，主动向当地卫生健康主管部门说明情况并补办备案手续。如需进一步分析具体情节或应对策略，可直接向我咨询。