是的，一个案件中可以对部分款项驳回起诉，同时对部分款项判决支持。这种情况在司法实践中是存在的，主要基于以下法律逻辑和原则：
诉讼请求的独立性：
- 在一个案件中，原告可能基于多个事实和理由提出多项诉讼请求。这些诉讼请求在法律上可能是独立的，即每一项请求都有其自己的事实依据和法律依据。
- 法院在审理案件时，会针对每一项诉讼请求进行独立的审查和判断。如果某一项请求缺乏事实依据或法律依据，法院可以驳回该部分起诉；而如果另一项请求符合法律规定，法院则可以判决支持。
证据的充分性：
- 原告在提出诉讼请求时，需要提供相应的证据来支持其主张。对于不同的款项，原告可能需要提供不同的证据来证明其合法性。
- 如果原告对于某部分款项的证据不足或存在瑕疵，法院可能无法认定该部分款项的合法性，从而驳回该部分起诉。而对于证据充分的部分款项，法院则会判决支持。
法律关系的复杂性：
- 在一些复杂的合同纠纷中，可能涉及多个法律关系或多个合同条款。这些法律关系或合同条款可能相互独立，也可能存在某种关联。
- 法院在审理时，会根据具体的法律关系或合同条款来审查原告的诉讼请求。如果某部分款项涉及的法律关系或合同条款不成立或无效，法院会驳回该部分起诉；而对于其他有效的法律关系或合同条款所涉及的款项，法院则会判决支持。
举例说明：
假设在一个合同纠纷中，原告要求被告支付货款、违约金和利息三项款项。在审理过程中，法院发现：
- 货款部分有充分的合同依据和交货凭证，因此判决支持原告的货款请求；
- 违约金部分虽然合同中有约定，但原告未能提供足够的证据证明被告存在违约行为，因此驳回原告的违约金请求；
- 利息部分由于合同中没有明确约定，且原告未能提供其他法律依据，因此也驳回原告的利息请求。
法律建议：
- 如果您在合同纠纷中遇到类似情况，建议仔细分析每一项诉讼请求的事实依据和法律依据，确保每一项请求都有充分的证据支持。
- 在提起诉讼前，最好咨询专业律师的意见，对诉讼请求进行合理规划和调整，以提高胜诉的可能性。
- 在诉讼过程中，要积极配合法院的审理工作，及时提供证据和材料，以便法院能够全面、准确地了解案件事实，作出公正的判决。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。